農家必見！インボイス制度の概要と対応策について解説

2023年10月より日本で「インボイス制度（適格請求書等保存方式）」がスタートしました。これは、消費税の適用税率と税額を正確に把握するための新しい請求書発行ルールです。
この制度開始により、農業に携わる方々、特に兼業農家や個人経営の農家、農業法人にも少なからず影響が及んでいます。
「インボイス制度って何？」「自分の農業経営にどんな対応が必要？」と不安に思っている方も多いのではないでしょうか。
本記事では、農家の方向けにインボイス制度の基本をわかりやすく解説し、買い手（取引先）のタイプごとの対処法や、自身が仕入れをする際の注意点について説明します。
また、農業従事者は適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）になる必要があるのか、免税事業者のままでいるメリット・デメリットや、どういった場合に免税のままの方が有利かについても解説します。
さらに、最後に無料の請求書発行ツール「INVOY（インボイ）」を活用して、煩雑なインボイス制度へ簡単に対応する方法をご紹介します。
農業経営にインボイス制度への対応は欠かせません。この記事を読むことで、インボイス制度と農家の関係を正しく理解し、今後の対応方針を決めるためのヒントをつかんでいただければ幸いです。

インボイス制度とは？農家に関係する基本知識

まずはインボイス制度の概要と、農家にどのように関係するかを押さえましょう。インボイス制度とは、簡単に言えば「消費税の適用税率や税額などの項目を記載した正式な請求書（適格請求書、通称インボイス）の発行と保存を義務付ける制度」です。

適格請求書には、発行者の登録番号や取引年月日、品目、税率ごとの金額と消費税額など所定の項目を記載する必要があります。このインボイスを発行・保存することで、買い手は仕入れにかかった消費税額を正確に把握し、控除（仕入税額控除）に反映できる仕組みです。

消費税には標準税率10%と、食料品等に適用される軽減税率8%の二種類があります。農業分野では、この複数税率が関係する取引が多いため、インボイス制度の影響が大きくなります。

具体的には、農家が販売する農産物（例：お米、野菜、果物など）は軽減税率8%の対象になることが多い一方、農家が購入する種苗・肥料・農業機械などの農業資材や、農家レストランでの飲食提供には標準税率10%が適用されます。

このように売上と仕入れで異なる税率が混在する場合、請求書にはそれぞれの税率ごとに金額と消費税額を分けて記載する必要があります。

インボイス制度では適格請求書にこれら税率区分ごとの情報を正確に記載することが義務となるため、複数税率を扱う農家にとって無視できない制度なのです。

課税事業者と免税事業者の違いも理解しておきましょう。簡単に言うと、課税事業者とは消費税の申告・納税義務がある事業者、免税事業者とは一定規模以下のため消費税の納税が免除されている事業者です。

一般的には、前々年（基準期間）の課税売上高が1,000万円以下であれば、その年は消費税の免税事業者になれます。多くの小規模農家や兼業農家はこの基準を満たし、これまでは免税事業者として消費税の納税を行ってこなかったケースも多いでしょう。

免税事業者であれば消費税分を納めなくて済む反面、適格請求書発行事業者として税務署に登録していないため、買い手に対して「適格請求書（インボイス）」を発行することができません。

インボイス制度の下では、買い手（購入者）が仕入れにかかった消費税を仕入税額控除（※仕入れに含まれた消費税額を納付税額から差し引く制度）として差し引くために、売り手からの適格請求書の受領が必要となります。

つまり、農家が売り手となる取引でも、取引先から「適格請求書を発行してください」と求められるケースが出てくるわけです。以下では、買い手が課税事業者の場合と免税事業者の場合で、農家が取るべき対応の違いを見ていきましょう。

農産物の買い手が課税事業者の場合の対応

まず、農家が生産した農産物の買い手（取引先）が課税事業者であるケースについてです。例えば、農作物を卸売業者やスーパー、食品メーカーなど課税事業者である企業に販売する場合がこれに該当します。

この場合、農家である売り手が免税事業者か課税事業者かによって、取引先への影響が大きく異なります。

売り手が免税事業者の場合、農家は適格請求書発行事業者として登録していないため、取引先に対して適格請求書（インボイス）を発行することができません。

買い手である課税事業者は、本来であれば仕入れに含まれる消費税額を仕入税額控除として差し引くことで、納める消費税額を軽減できます。

しかし、農家から適格請求書がもらえないと、その農産物の購入にかかった消費税分の控除を受けることができず、税負担が増すデメリットが生じます。

結果として、買い手の課税事業者は「インボイスが発行できないなら取引条件を見直したい」「消費税分を差し引いた価格に値下げしてほしい」といった交渉を求めてくる可能性があります。

つまり、農家が免税事業者のままだと、課税事業者である取引先との関係において不利に働く場合があるのです。

一方、売り手である農家が課税事業者となっている場合は状況が異なります。農家自身が課税事業者であれば、所轄の税務署に申請して適格請求書発行事業者の登録を受けることで、取引先に対して適格請求書（インボイス）を発行できるようになります。

適格請求書を発行すれば、買い手である課税事業者は仕入税額控除を適用できるため、インボイス制度導入による不利益を受けずに済みます。取引先にとって安心して取引を続けられる相手となるため、価格交渉などのトラブルも発生しにくくなるでしょう。

ただし、課税事業者となるということは、農家側は販売額に含まれる消費税相当額をいずれ税務署に納める義務が発生することを意味します（免税事業者のときには納める必要がなかった消費税を納税することになる）。

そのため、適格請求書を発行できるようになるメリットと、消費税納税義務を負うことによるコスト増加のバランスを考慮する必要があります。

今後の動向にも注意が必要です。インボイス制度施行後も、2023年10月から2029年9月までは経過措置として、適格請求書がなくても買い手が一定割合の仕入税額控除を受けられる特例期間が設けられています（例えば2023～2025年は仕入税額の80%、2026～2028年は50%を控除可能）。

しかし、経過措置終了後の2029年10月以降は、適格請求書がない取引について仕入税額控除が一切認められなくなります。

したがって、現在は買い手側が多少の不利益を受け入れてくれている場合でも、将来的には農家側がインボイス発行に対応しない限り取引継続が難しくなる可能性が高い点を覚えておきましょう。

農産物の買い手が免税事業者の場合の対応

次に、農産物の買い手が免税事業者であるケースについてです。例えば、取引先が小規模な飲食店や個人商店で、売上規模から消費税の納税義務がない事業者（免税事業者）である場合が該当します。

また、直売所で一般消費者に販売する場合も、買い手は消費税の仕入税額控除とは無縁です。

このような買い手が免税事業者または消費者の場合、そもそも買い手側は仕入税額控除を行いません。したがって、売り手である農家が適格請求書を発行できるか否かは取引に影響を与えません。

免税事業者の買い手にとっては、従来どおりの領収書や請求書がもらえれば十分であり、インボイス制度だからといって特別な対応を求められることは基本的にありません。

極端な言い方をすれば、インボイス制度の影響は買い手が免税事業者の場合ほとんど無いと言えます。

そのため、主要な取引先が免税事業者で占められている農家の場合、現時点では無理に課税事業者（インボイス発行事業者）になる必要性は高くありません。

ただし、取引先が今後事業拡大して課税事業者になる可能性や、新たに課税事業者の顧客ができる可能性もあります。

また、自身が将来ビジネスを拡大していく中で新たな取引先が現れることも考えられますので、「自分の取引先は免税事業者だから大丈夫」と油断せず、基本的な知識や準備は進めておくことが望ましいでしょう。

農家が種苗・肥料・農業機械を仕入れる場合のインボイス対応

農業従事者である農家は売り手になるだけでなく、自らが買い手となってビジネスに必要なものを購入する場面もあります。例えば、作物を育てるための種苗や肥料、農作業に使う農機具や設備の購入などです。

インボイス制度下では、農家がこうした仕入れを行う際にも注意すべきポイントがあります。

まず、自身が課税事業者として消費税を納めている場合についてです。課税事業者となっている農家は、仕入れに含まれる消費税額を仕入税額控除として差し引くことができます。ただし、そのためには仕入先から受け取る請求書が適格請求書である必要があります。

もし農家が購入した種苗屋や資材店、農機具メーカーなどの仕入先が免税事業者だった場合、相手から適格請求書を受け取ることができません。

その結果、本来なら控除できるはずの仕入れにかかった消費税分を控除できず、農家にとって実質的なコスト増になってしまいます。

特に高額な農業機械や大型設備の購入時には消費税額も大きいため、仕入先が適格請求書を発行できる事業者かどうかは、課税事業者となった農家にとって重要なチェックポイントです。

次に、農家自身が免税事業者の場合を考えてみましょう。免税事業者である農家は、もともと消費税の納税義務がないため、仕入れで支払った消費税を控除するという概念がありません。

したがって、仕入先から適格請求書をもらえなくても直接的な経済損失はありません（支払った消費税はそのままコストとなります）。

ただし、今後自分が課税事業者に転向することを検討している場合は、将来を見据えて取引先選びをすることも考慮に入れると良いでしょう。

例えば、継続的に購入する肥料や飼料の販売業者が常に免税事業者だと、将来自分が課税事業者になった際に仕入税額控除を受けられず不利になる可能性があります。

逆に、仕入先が大手企業（課税事業者）で適格請求書を発行してくれるのであれば、将来的に課税事業者になっても安心して取引を継続できます。

また、前述のとおり農家の取引は複数税率が関わる点にも注意が必要です。例えば、軽減税率8%対象の商品と標準税率10%対象の商品を一緒に購入する場合、それぞれの税率ごとに区分した請求書が必要になります。

複数税率の管理は手作業だと煩雑になりがちですが、請求書発行ツールなどを使えば自動的に税率ごとの金額計算や記載ができるため、作業ミスや漏れを防ぐことができます（この点については後述するINVOYの活用でも触れます）。

参考：軽減税率8%・標準税率10%の具体例

軽減税率8%が適用される農産物の例

米、野菜、果物、食用卵、牛乳、加工食品（※テイクアウト販売や宅配も8%）、農家レストランの持ち帰り用弁当　など

標準税率10%が適用される例

種もみ（稲の種子）、肥料・飼料用の農産物、酒類（日本酒・ワイン等）、観賞用の花、農作物の種子・苗木（食用ではなく栽培用のもの）、農家レストランでの店内飲食　など

上記のように、自分が購入者となる場合でもインボイス制度は影響してきます。特に課税事業者である農家は、仕入先からの請求書管理にも気を配り、必要に応じて適格請求書の発行を依頼するか、あるいは仕入先の選定を見直すことも検討しましょう。

農業従事者はインボイス発行事業者になる必要があるのか？（特例制度も含めて）

ここまで、インボイス制度が農家の販売・仕入れに与える影響を見てきました。それでは、農業従事者自身は適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）になる必要があるのかについて考えてみましょう。

結論から言えば、売上規模や取引関係によって判断が分かれると言えます。

まず法律上は、前述した通り前々年の売上高が1,000万円を超える事業者は自動的に課税事業者となり、消費税の納税義務があります。

したがって、規模の大きい農業法人や売上高の高い農家の方は、インボイス制度の有無に関わらず課税事業者となり、税務署へ登録申請をして適格請求書発行事業者となる必要があります。

一方、売上規模が小さい農家（基準期間の売上高が1,000万円以下）は引き続き免税事業者でいることも可能で、その場合インボイス発行事業者になるかどうかは任意です。

免税事業者のままでいるメリットは、言うまでもなく消費税の納税義務がない点です。消費税相当分を価格に転嫁していればその分が利益に残りますし、価格に転嫁せず周囲より安価に販売することで競争力を保つ戦略も取れます。

また、煩雑な消費税の申告作業や経理処理から解放される利点もあります。しかし一方で、前述したように取引先が課税事業者である場合に不利になり得る点や、新規取引で敬遠されるリスクがある点はデメリットです。

では、農家が免税事業者のままでいても問題ないケースはあるのでしょうか？実はインボイス制度には、一定の要件の下で「農業従事者が直接インボイスを発行しなくても良い」特例制度が存在します。代表的なものが「農協特例」と「卸売市場特例」です。

農協特例

農協（JA）や森林組合、漁協などに農産物の販売を委託する場合に適用できる特例です。農家が「無条件委託方式」または「共同計算方式」でJAなどに出荷を委託している場合、農家自身の適格請求書発行義務が免除されます。

代わりに仲介業者であるJAが買い手に対して適格請求書を発行し、買い手はそのJAからのインボイスに基づいて仕入税額控除を受けることが可能です。

つまり、農家は免税事業者のままでも取引先にとってはインボイスが整備された状態になるため、消費税の不利益を与えずに済みます。

ただし、この特例を利用するには販売先を特定しない委託販売であることなど条件があり、例えば契約で販売先や価格を指定するような取引（無条件委託ではない場合）には適用されません。

また、直接飲食店や小売店に農産物を買取販売するケースは委託ではないため農協特例の対象外です。

卸売市場特例

中央卸売市場や地方卸売市場など公的に認定された卸売市場を通じて農産物を販売する場合に利用できる特例です。生鮮食品などを市場に出荷し、市場経由で卸売業者に販売する際には、生産者である農家が直接買い手にインボイスを交付することが困難です。

そこで、この特例では農家のインボイス発行義務を免除し、卸売市場が代わりに適格請求書を発行して買い手に提供します。買い手は市場からのインボイスで仕入税額控除を行えるため、農家が免税事業者でも問題なく取引が可能となります。

対象となるのは農林水産大臣または都道府県知事の認定を受けた卸売市場等に限られますが、多くの公設市場はこれに当てはまります。

これらの特例を活用できる場合、農業従事者は無理にインボイス発行事業者になる必要がないとも言えます。実際、現状では農協や市場を通して出荷している農家の多くが免税事業者のまま取引を続けているケースも見られます。

ただし、特例の適用外となる取引（例えば直接取引や条件付きの契約栽培など）がある場合には、その部分についてインボイス対応を考えなければなりません。

また、特例を利用する場合でも取引相手と事前によく協議し、インボイス発行の扱いについて相互で認識を合わせておくことが重要です。

免税事業者でいる方が有利な農家のパターン

以上を踏まえて、どんな場合に農家はあえて免税事業者のままでいることが有利と言えるでしょうか。個々の事情によりますが、一般的には次のようなパターンが考えられます。

主な販売先が一般消費者や免税事業者である場合

直売所や産直市場、個人客への販売が中心で、取引先に課税事業者がほとんどいない場合は、インボイス発行事業者にならなくても取引に支障が出にくいです。

消費者相手の販売なら適格請求書を求められることはなく、免税事業者として消費税分の納税が不要なメリットを享受できます。

農協や公設卸売市場を通じて出荷している場合

先述の農協特例や卸売市場特例の適用を受けられる取引が大半であれば、免税事業者のままでも実務上困らないケースがあります。

JAや市場がインボイス対応を肩代わりしてくれるため、自身は煩雑な請求書発行業務から解放されます。ただし、特例が適用されない取引が混在する場合は注意が必要です。

消費税の納税負担が利益を圧迫する場合

売上規模が免税事業者の範囲内ギリギリで、かつ経費（仕入れ）にかかる消費税がそれほど大きくないケースでは、課税事業者になってしまうと納税負担が一気に増える可能性があります。

例えば年間売上が900万円・経費が少ない農家が課税事業者になると、単純計算で売上に含まれる消費税約90万円を納税しなければならず、手元に残る利益が大幅に減る恐れがあります。

こうした場合、無理にインボイス発行事業者になるよりも免税のまま事業を続けた方が経営上有利と判断できます。

経理リソースや事務処理能力に余裕がない場合

小規模農家や高齢の農業従事者などで、複雑な消費税の計算・申告事務に対応するのが難しい場合もあるでしょう。免税事業者であればそうした事務負担を大幅に軽減できます。

インボイス制度対応のために人手やコストを割くより、本業の生産に注力した方が良いと考えられるケースです。

事業規模を縮小する予定がある場合

引退や休耕を考えているなど、今後売上が減少または事業を終了する見通しが立っている場合には、短期間のためにあえて課税事業者になるメリットは小さいでしょう。残りの期間は免税事業者のまま経過措置を活用し、制度対応の手間やコストを抑える方が得策です。

以上のようなパターンでは、免税事業者でいるメリットが勝るため、インボイス発行事業者への登録を見送る判断も十分に考えられます。ただし、状況が変われば適宜見直しが必要です。

例えば、新たに大口の課税事業者の取引先ができた、設備投資で大きな仕入れが発生した、売上が拡大して1,000万円を超えそうだ、といった場合には改めて課税事業者になるメリット・デメリットを検討しましょう。

常に自分の農業経営の状況と取引環境を把握し、最適な選択をすることが大切です。

INVOYを活用してインボイス制度に簡単・無料で対応しよう

最後に、インボイス制度への対応を手軽かつ確実に行う方法として、クラウド請求書発行ツールの「INVOY（インボイ）」をご紹介します。

インボイス制度に対応するためには、適格請求書のフォーマットで請求書を発行し、必要な項目（適格請求書発行事業者の登録番号、取引内容、税込金額と消費税額の内訳、取引年月日など）を漏れなく記載する必要があります。

手書きやエクセルで管理する場合、複数税率の計算ミスや記載漏れが起こるリスクがあります。しかしINVOYを利用すれば、こうしたインボイス対応の請求書を誰でも簡単に作成することが可能です。

完全無料で利用可能

INVOYは登録から請求書の作成・発行・管理まで、基本機能をすべて無料で提供しています。何枚請求書を発行しても費用がかからないため、兼業農家や個人農家でも安心して利用できます。

インボイス制度に対応したテンプレート

初めてインボイス対応の請求書を作成する方でも心配ありません。INVOYには複数税率対応の請求書テンプレートが用意されており、画面の指示に従って金額や品目を入力するだけで、自動的に税率ごとの消費税計算や必要項目の配置が行われます。

自分の適格請求書発行事業者の登録番号を事前に設定しておけば、それも請求書上に自動表示されます。

オンライン送付で手間削減

作成した請求書は取引先のメールアドレス宛にそのまま送信することも可能です。紙に印刷して郵送したり、対面で手渡しする必要がなく、遠方の取引先にも即座に請求書を届けられます。郵送コストの削減ややり取りの効率化にもつながります。

見積書や納品書、領収書などにも対応

INVOYは請求書だけでなく、見積書・納品書・領収書といったビジネス書類もワンクリックで作成できます。例えば、納品時に「納品書兼請求書」を発行したり、代金受領後に領収書を出すといった一連の流れもすべてクラウド上で完結できます。

これらも適格請求書の要件に沿った様式で発行できるため、インボイス制度下での帳票管理がスムーズになります。

データ管理と電子保存にも便利

発行した請求書はPDFでダウンロードできるのはもちろん、INVOY上にデータ保存しておけば過去の取引を簡単に振り返ることができます。紙での保存が難しい場合でも、電子帳簿保存法に対応した形でデータ管理が可能なので安心です。

将来的に税務調査などで適格請求書の保存状況を確認された場合でも、INVOYにログインすれば必要な情報をすぐ提示できます。

このように、INVOYを活用すれば専門知識がなくてもインボイス制度への対応が可能となります。特に日々の農作業で忙しい農家の方にとって、請求書発行業務を効率化しミスなく行えることは大きなメリットです。

実際に「パソコンが苦手」という方でも、INVOYのシンプルな画面設計と分かりやすい入力フォームにより直感的に操作できます。スマートフォンやタブレットからも利用できるため、農作業の合間や出先からでも請求書発行が可能です。

まとめ

インボイス制度は農家にとっても無関係ではなく、取引先や販売方法によっては対応が求められる重要な制度です。

課税事業者である取引先がいる場合には、適格請求書を発行できるかどうかが取引継続に影響し得ますし、自身が仕入れをする場面でもインボイスの有無がコストに影響します。

一方で、販売形態によっては免税事業者のままでも問題なく事業を続けられるケースがあることも分かりました。自分の農業経営における取引関係を整理し、課税事業者になるべきか否か、特例の活用余地はあるか、といったポイントをぜひ一度検討してみてください。

いずれにしても、インボイス制度への基本的な理解と準備は早めに行っておくに越したことはありません。もし「何から手を付ければいいか分からない…」という場合は、まずは請求書発行ツールINVOYの導入から始めてみてはいかがでしょうか。

無料のINVOYなら、インボイス制度対応の請求書発行を簡単に行えるだけでなく、日々の請求業務自体も効率化できます。適切な道具を使って賢く制度に対応し、これからの農業経営をより安心・円滑なものにしていきましょう。

経理業務の効率化なら「INVOY」

「INVOY」は、請求書の発行から受け取り、支払いまでを素早く簡単にできるクラウド請求書プラットフォームです。必要な項目を上から順番に入力するだけで、簡単かつ無料で請求書を発行できます。

また請求書はスマートフォンからも作成・発行が可能。隙間時間や外出先で急を要する場合でもすぐに対応できるのが特徴です。もちろん電子帳簿保存法にもとづいた、クラウド管理にも完全対応しています。請求書の枚数や取引先数、メンバー管理なども無制限です。まずは無料で始めてみてください。