運送業で知っておきたいインボイス制度の基本と影響、具体的な対応策

今回は運送業の経営者さんや経理担当者さんに向けて、2023年10月から始まった「インボイス制度」についてわかりやすく解説します。インボイス制度の基本的な内容や運送業界への影響、そして具体的な対応策まで網羅していますので、ぜひ最後までチェックしてください。

インボイス制度とは？

インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」といい、消費税の仕入税額控除のルールが大きく変わる新しい制度です 。簡単に言うと、売り手が買い手に対して正しい消費税率や税額を記載した請求書（適格請求書、いわゆるインボイス）を交付し、買い手はそれを保存することで、消費税の仕入税額控除が受けられるようになります。

開始時期

インボイス制度は 2023年10月1日 からスタートしました。消費税の軽減税率制度（8%と10%の複数税率）が導入されたことを背景に、生まれた制度です。

適格請求書（インボイス）とは

2019年10月以降使われている「区分記載請求書」に、新たに「登録番号」「適用税率」「消費税額等」を追加した書類のことです 。売り手が発行し、買い手に正確な消費税額を伝える役割があります。例えば、自社の登録番号（税務署から交付された番号）や取引ごとの適用税率、そして消費税額を明記する必要があります。

誰に影響がある？

基本的にはすべての事業者に影響があります。課税事業者（消費税の納税義務がある事業者）はインボイスの発行・受領対応が必要ですし、免税事業者（売上高1,000万円以下等で消費税納税義務が免除されている事業者）も取引上の影響を受けます 。

運送業の場合、多くの取引先が課税事業者である可能性が高いため、個人事業主を含め業界全体に大きなインパクトがあります。

ワンポイント

インボイス（適格請求書）は請求書だけでなく、領収書や納品書でも必要項目を満たしていればOKです。要は形式よりも「必要な項目がきちんと記載されていること」が重要ですよ。

運送業界への影響

インボイス制度の導入により、運送業界では取引や経営に様々な変化が生じています。特に個人事業主のトラックドライバーさん（例えば軽貨物ドライバーなど）や、中小の運送会社にとって影響は無視できません。ここでは主な影響を見てみましょう。

免税事業者への影響（軽貨物ドライバーなど）

運送業界には、年商1,000万円以下で免税事業者として活動していたドライバーさんも多く存在します。免税事業者は適格請求書を発行できないため、インボイス制度の下では取引先である荷主や元請けが仕入税額控除を受けられなくなってしまいます。その結果、次のような不利な状況が考えられます。

取引継続が危うくなる

取引先（荷主や元請け）は消費税の控除ができないとコスト増になるため、インボイス発行ができる他の業者に仕事を振り替える可能性があります。免税事業者のままだと「仕事を切られる」リスクが高まるわけです。

実質的な値引き要求

取引先が取引を続ける場合でも、「インボイスがないなら消費税分(10%)を値引きしてね」と消費税相当額の減額を求められるケースがあります 。免税事業者側から見ると、売上の一部が減ってしまう形になり、収入減少につながりかねません 。

このように、インボイス制度は免税事業者にとって不利になりうる制度です 。軽貨物ドライバーなど個人で活動する方ほど影響を受けやすいため注意が必要です。

取引関係の変化とコスト負担の増加

インボイス制度導入後は、取引の在り方にも変化が出ています。まず、課税事業者同士の取引ではインボイスの発行・受領が当たり前になるため、事務負担が増加します。具体的には

請求書発行業務の増加

今までは簡易な請求書で済んでいたものが、インボイス要件を満たす請求書発行が必要になり、フォーマット変更やチェック業務が増えます。

経理処理の複雑化

受け取った請求書について、「これは適格請求書か？」「相手は登録事業者か？」を確認し、消費税の計算を仕分ける手間が増えます。仕入先が免税事業者だと、その取引については消費税控除ができないため、経理上は別扱いする必要があります。

システム対応コスト

社内で使っている販売管理ソフトや請求書発行システムをアップデートし、インボイスに対応させる必要があります。例えば、社内システムに自社および取引先の「適格請求書発行事業者の登録番号」を登録する項目を追加し、2023年10月以降の請求書に反映させる改修が求められます。この対応には時間と費用がかかります。

以上のように、インボイス対応には追加コストや手間が発生します。小規模な運送事業者だと人手も限られているため、この負担増は頭の痛い問題ですよね。

荷主や元請けとの関係の変化

インボイス制度は荷主（発注者）や元請け企業との力関係にも影響を及ぼしています。大手の荷主企業や一次請け（元請け）運送会社は、自社が仕入税額控除を受けるために、下請け業者にもインボイス発行を求める傾向があります。

インボイス発行の要請

元請けから「インボイス発行事業者になっていますか？登録番号を教えてください」といった問い合わせや要請が増えています。未登録の場合、「早めに登録してください」と促されたり、場合によっては取引条件の見直しにつながることもあります。

取引条件の見直し

元請けが多数の協力会社（下請けドライバーなど）を抱えている場合、インボイス対応の有無で選別が行われるケースもあります。

「インボイス未対応の事業者とは今後取引しない」といった極端な例も一部報道されていますし、そこまでいかなくても報酬額に消費税相当分を上乗せしない契約に変更されるなどのケースも考えられます。

もっとも、公正取引委員会からは「インボイス制度を理由に必要以上の不利益を下請けに押し付けるのは優越的地位の濫用となり得る」との趣旨の注意喚起も出されており、取引慣行が急激に悪化しないよう経過措置も設けられています。しかし現場レベルでは、インボイス対応が新たな交渉材料になっているのは事実です。

具体例：ある中小運送会社では、長年協力関係にある軽貨物の個人ドライバー数名が免税事業者でした。インボイス制度開始後、元請けの意向もありそのドライバーたち全員が適格請求書発行事業者の登録を決断。登録しなかった1名は契約更新時に報酬から消費税10%分を減額することで合意しました。このように、各社で対応が分かれています。

運送業界が取るべき対応策

では、運送業界の事業者はインボイス制度に対して具体的にどのような対応を取れば良いのでしょうか？ここでは実務的な対応策をいくつか紹介します。自社の状況に合わせて取れる対策を検討してみましょう。

免税事業者はどうするべきか？

まず現在免税事業者である場合の対応です。前述の通り、免税事業者のままだと売上減少や取引終了のリスクがあります。一方で課税事業者になると消費税の申告・納税義務が発生するというデメリットもあります。判断に迷うところですが、以下のポイントを考慮しましょう。

取引先の属性を確認

あなたの主要な取引先（荷主や元請け）は課税事業者でしょうか？もし取引先が消費者や免税事業者であれば、そもそも相手側が仕入税額控除を受けないのでインボイスが無くても取引に影響は出にくいです 。逆に取引先が課税事業者（特に簡易課税ではなく本則課税で消費税申告しているような会社）なら、インボイス発行が強く求められるでしょう。

課税事業者になる選択

取引先の多くが課税事業者であれば、思い切って課税事業者（適格請求書発行事業者）になることを検討しましょう。免税事業者から課税事業者になるには税務署へ届出を出す必要がありますが、一度課税事業者になればインボイスを発行でき取引先にも安心してもらえます。

その際、3年間は納める消費税額を売上税額の2割に減免できる「2割特例」という制度も利用できます。これはインボイス制度導入に合わせた特例措置で、「課税事業者になったばかりで消費税負担が急増するのを緩和する」目的があります。実質、消費税の納税額が当面2割で済むので、免税から課税への移行ハードルが下がりますね。

免税事業者のまま継続

どうしても課税事業者になるのがデメリット大きい場合（例えば売上がギリギリ1,000万円前後で今後も成長見込めない等）は、あえて免税事業者のままで様子を見る選択もありえます。その際は取引先と十分話し合い、「消費税分値引き」に応じるのか、それとも取引先も簡易課税などでインボイス不要なのか、条件面を明確にしておきましょう。

なおインボイス未対応でも、買い手側は経過措置として2026年9月までは税額の80%（その後3年間は50%）を控除可能なので、取引先にとってもすぐに100%不利益というわけではありません。この経過措置期間中に、自社が今後どうするか見極める戦略も考えられます。

適格請求書発行事業者の登録方法

次に、課税事業者でまだインボイス発行事業者の登録をしていない場合や、免税事業者から課税事業者になると決めた場合の登録手続きについてです。

適格請求書発行事業者になるには、所轄の税務署長あてに「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出する必要があります。手続きの基本的な流れは以下のとおりです。

申請書の提出

税務署に登録申請書を提出します。書面提出のほか、e-Tax（国税電子申告）でも提出可能です。必要事項に自社情報を記入し、「適格請求書発行事業者になりたい」旨を届け出ます。

税務署での審査

税務署が要件を満たしているか審査します。特別な問題がなければ基本的に登録は受理されます。

登録番号の付与・公表

登録が完了すると適格請求書発行事業者の登録番号が付与されます。登録事業者の情報（氏名/名称・法人番号・登録番号など）は国税庁の公表サイトで誰でも検索できるようになります。

通知書の受領

後日、税務署から「登録完了通知書」が送付されます。ここにあなたの登録番号が記載されています。

※免税事業者から課税事業者になる場合は、上記申請書に加えて「消費税課税事業者選択届出書」も提出が必要です 。これを忘れると課税事業者に切り替わらないので注意しましょう。

豆知識：2023年10月1日からインボイス制度開始でしたが、開始日に登録を受けるには原則2023年9月30日までに申請書提出が必要でした。現在は制度開始後ですが、登録申請自体は随時可能です。ただし一度登録すると原則としてやめることはできず、やめる場合は取り消しの届出が必要になります。

会計処理の見直し（経理部門の対応）

インボイス制度に対応するには、経理処理を見直すことも重要です。経理担当者の方は次の点に留意して社内体制を整えましょう。

請求書様式の変更

自社が発行する請求書テンプレートをインボイス制度対応版に更新します。自社の登録番号や取引ごとの消費税額等、漏れなく記載されているフォーマットにしましょう。併せて、見積書や納品書、領収書の様式も必要に応じて見直します。

証憑の保存ルール

受領した請求書が適格請求書かどうか判別し、適格請求書は厳重に保存する仕組みを作ります。紙で受け取ったものはファイリングし、電子データで受け取ったものはフォルダ管理や会計ソフトに取込んで保存します。適格請求書でないもの（免税事業者からの請求書など）は仕入税額控除ができませんので、経理上マークを付けて管理するとよいでしょう。

仕入先のステータス管理

取引先（仕入先）が適格請求書発行事業者かどうかリスト化して管理します。国税庁の公表サイトで相手の登録番号を検索すると確認できます。今後新規の協力会社や仕入先と取引する際も、登録事業者かどうかをチェックすることが望ましいです。

消費税申告への備え

インボイス制度後初めての消費税申告では、適格請求書に基づく仕入税額控除を行うことになります。経理部門は従来以上に消費税の計算に注意しましょう。例えば、「経過措置で控除率80%の取引」「控除対象外の取引」など区分経理が必要です。場合によっては税理士や専門家と相談しながら進めるのが安心です。

システム導入やデジタルツールの活用

インボイス対応をスムーズに行うためには、ITツールの活用も有効です。手作業で全部対応するのは大変なので、使えるものは使いましょう。

会計ソフト・請求書発行ソフトの活用

クラウド会計ソフトや請求書作成ソフトの多くはインボイス制度対応の機能を提供しています。自社の登録番号を登録して請求書に自動記載したり、取引先ごとに適格/非適格を設定して消費税控除可否を自動判定してくれたりします。例えばINVOYなどのクラウドソフトでは早期にインボイス対応が行われています。これらを導入すれば経理担当者の負担を大きく軽減できるでしょう。

IT導入補助金の活用

インボイス対応のシステム導入には費用がかかりますが、「IT導入補助金」という政府の補助制度が利用できます 。インボイス制度対応の会計ソフト導入費用に補助金が出る仕組みで、2023年は小規模事業者でも使いやすいよう下限金額が撤廃されました。会計ソフト代やそれに付随するハードウェア購入費用も対象になるので、条件に合えばぜひ申請してみましょう（適用には事前の申請と採択が必要です）。

電子帳簿保存法への対応

インボイス制度とは別ですが、請求書や領収書の電子保存に関するルール（電子帳簿保存法）も近年緩和されています。これを機に請求書の受け渡しを電子化（PDFやデータ交換）し、紙のやり取りを減らすことも検討しましょう。デジタルで完結できれば書類保管の負担も減りますし、検索も簡単になります。

参考情報：政府はインボイス制度対応の負担軽減策として、小規模事業者向けの「持続化補助金」（販路開拓等の支援金）でもインボイス対応費用への上乗せ補助を行いました。他にも、少額（1万円未満）の取引についてはインボイス保存を不要にする特例を設けるなど、事務負担に配慮した措置が講じられています。可能な範囲でこうした支援策も活用しましょう。

取引先とのコミュニケーション

最後に 取引先とのコミュニケーション も重要な対応策です。制度変更により条件調整が必要な場合、早めに話し合っておくことでトラブルを防げます。

自社の対応方針を通知

もしあなたの会社がインボイス発行事業者の登録を済ませたなら、主要な取引先に「登録番号」や「適格請求書発行事業者になりました」などと連絡しておくと親切です。請求書に勝手に番号を書いておけば伝わるとは思いますが、事前に知らせておけば取引先も安心できます。

取引条件の調整

自社が免税事業者のまま継続する場合は、取引先と「今後の消費税相当額の扱い」を明確に取り決めましょう。例えば「これまで通り税込価格据え置きだが、仕入税額控除できないことを了承いただく」や、「今後は消費税分は値引きする」など、双方が納得できるラインを話し合います。曖昧にしておくと後から請求トラブルになりかねません。

仕入先への確認と協力依頼

逆に、自社が買い手となる場合、主要な仕入先や協力会社にインボイスへの対応状況を確認しましょう。「御社は適格請求書発行事業者の登録をされていますか？」と尋ね、未対応のようであれば今後の取引継続にどう影響しうるか話し合います。必要なら「ぜひ登録をご検討ください」と協力をお願いすることもありますし、どうしても難しければ経過措置期間中の対応（控除80%/50%）で凌ぐ計画を共有すると良いでしょう。

コミュニケーションを密に取ることで、信頼関係を損なわず円滑に制度移行期を乗り越えることができます。「言いにくいな…」と思うことでも、お互い様の部分もあるので早めに相談しておきましょう。

最新動向と今後の展望

最後に、インボイス制度に関する最新の動向と今後の展望について触れておきます。

政府の支援策・経過措置

政府はインボイス制度定着のために各種の支援措置を講じています。代表的なものが前述した経過措置で、2026年9月末までは適格請求書がなくても仕入税額の80%を控除可能、その後2029年9月末までは50%控除可能となっています 。また、免税事業者から課税事業者になった場合の2割特例（2026年9月まで） 、IT導入補助金や持続化補助金による財政支援など、中小事業者への配慮措置が取られています。直近ではインボイス開始後も中小事業者の状況を踏まえ、必要に応じ追加支援策が検討される可能性も報道されています。定期的に政府や税務署からの情報をチェックしましょう。

業界団体の動き

運送業界では業界団体もインボイス対応に動いています。全日本トラック協会や各都道府県のトラック協会は、会員向けにインボイス制度の解説セミナーやQ&A資料を提供しています。また、インボイス制度による下請けへの影響について国土交通省や公正取引委員会への要望活動も行われています。業界内で情報交換し、横の繋がりで助け合うことも有益です。

インボイス制度後の運送業界の変化予測

制度開始からまだ日が浅いですが、長期的にはいくつかの変化が予想されます。一つは取引の適正化・透明化です。消費税のやり取りが明確になることで、今までグレーだった価格交渉部分が見える化し、公正な取引慣行が根付く期待があります。二つ目は業界の効率化・デジタル化の加速です。

インボイス対応を機にシステム導入が進めば、請求・経理業務の効率が上がり、電子化も進展するでしょう。一方で懸念としては、小規模事業者の淘汰や集約が進む可能性です。インボイス未対応では事業継続が難しくなるため、個人事業主同士が組合を作ったり法人化したりして対応する動きも出てくるかもしれません。

デジタルインボイスの普及

今後はインボイス制度に対応した電子インボイス（デジタルインボイス）の普及も見込まれています。標準的なデータ形式で請求書情報をやり取りする仕組みで、政府も推進中です。運送業界でも、大手荷主から電子インボイスで請求書を送ってほしいと言われるケースが増えるかもしれません。これも業務効率化につながる動きなので、アンテナを張っておきましょう。

制度開始直後は戸惑いや負担も大きいですが、長い目で見れば「消費税のルールが公平になるためのステップ」です。運送業界全体で知恵を出し合い、この変化に対応していきましょう。

よくある疑問（FAQ）

最後に、インボイス制度と運送業界に関してよくある質問とその回答をQ&A形式でまとめます。

Q1. インボイス制度はいつから始まったの？運送業にも関係あるの？

A1. インボイス制度は2023年10月1日から始まりました 。消費税の仕入税額控除を受けるには適格請求書（インボイス）が必要になる制度で、運送業も例外ではありません。運送会社やドライバーも売上先・仕入先との取引でインボイス対応が求められるため、大いに関係があります。

Q2. 適格請求書（インボイス）って具体的に何を書けばいいの？

A2. 適格請求書には決められた6つの記載事項があります。主なものは、①発行事業者の氏名または名称および登録番号、②取引年月日、③取引内容（軽減税率の対象ならその旨）、④税率ごとに区分した対価の額（税抜き or 税込）および適用税率、⑤税率ごとの消費税額等、⑥宛名（請求書受領者の氏名または名称）です 。要するに、「誰が」「いつ」「何を（どんな取引）」「いくら（税抜/税込・税率）」「消費税はいくら」という情報が漏れなく書かれていればOKです。今使っている請求書様式を確認して、必要事項が入っていなければ追加しましょう。

Q3. うちは売上高1,000万円未満の個人事業主（免税事業者）だけど、インボイス制度に対応しないとダメ？

A3. 対応を強くおすすめします。インボイス発行事業者の登録は義務ではないので対応「しなくてもいい」立場ではあります。しかし、取引先が課税事業者の場合、あなたがインボイスに対応しないと取引先が困ってしまい、結果的に仕事が減ったり報酬を減額されたりするリスクが高いです。そのため、免税事業者であっても実質的に対応を迫られるケースが多いです。どうしても課税事業者になりたくない事情がなければ、適格請求書発行事業者の登録を検討しましょう。3年間の2割特例（消費税納税額の軽減措置）もありますし 、簡易課税制度を選択すれば事務負担もそこまで重くありません。取引先と相談しつつベストな対応を決めてください。

Q4. 適格請求書発行事業者の登録はどうやればいいですか？難しい手続き？

A4. 登録手続き自体はそれほど難しくありません。【国税庁の所定の申請書に必要事項を記入し、税務署に提出する】だけです。書類の提出は郵送や窓口のほか、e-Taxでも可能です。審査を経て問題がなければ「登録番号」が発行され、晴れてインボイス発行事業者となります。免税事業者からなる場合は、プラスで「課税事業者選択届出書」も一緒に出すのを忘れずに。不安な場合は税理士や商工会などに相談すると良いでしょう。

Q5. インボイス制度の経過措置って何ですか？運送業者に関係ありますか？

A5. 経過措置とは、インボイス制度開始後すぐには負担が大きくなりすぎないように用意された暫定的なルールです。主なものは2つあります。

• 仕入税額控除の経過措置：2023年10月～2026年9月は、インボイスが無い取引でも仕入税額の80%まで控除可能。さらに2026年10月～2029年9月は50%まで控除可能です。例えばあなたが免税事業者でも、取引先は当面は支払った消費税の一部を控除できます。徐々に控除できる割合が減り、最終的には0%になります。
• 2割特例：先ほど触れたとおり、免税事業者が新たに課税事業者となってインボイス発行事業者になった場合、2026年9月まで納付する消費税額を売上税額の2割にできる特例措置です 。通常より税負担が軽くなるので、免税事業者だった方のソフトランディング措置といえます。
  これら経過措置は運送業者にも当然適用されます。特に下請けとの取引が多い運送会社では、経過措置期間中に取引先がインボイス未対応でも一定の控除ができるため、その間に取引先へ登録を促すなどの対応を取る猶予が与えられていると考えられます。

Q6. 運送業ならではのインボイス対応上の注意点はある？

A6. はい、運送業特有の論点もいくつかあります。例えば高速道路料金や駐車場代の請求です。これらはこれまで実費をそのまま請求書に転記していたと思いますが、インボイスでは消費税の計算を請求書全体で税率ごとに1回にまとめる必要があります 。

つまり、運賃部分が外税で高速代が内税だった場合などでも、一つの請求書内では税率ごと（10%課税、0%非課税等）に合計して消費税額を計算し直す必要があります 。計算方法を統一するか、項目ごとに税率を明記して小計・税額を示す対応が必要です。また、輸送内容によっては非課税扱い（国際運送や保税運送など）や軽減税率が絡むケースもあります。

その場合も税率区分ごとに金額と税額を記載しなければなりません。要は、運送業だから特別に免除されるということはなく、請求書内の全ての取引について適切に税率表示と税額計算をすることが求められます。自社の請求書様式や計算方法を再点検してみてください。

まとめ

以上、運送業におけるインボイス制度の基本から対応策まで解説しました。最初は大変に思えるかもしれませんが、一つひとつ対応していけば確実に乗り越えられます。インボイス制度への的確な対応は、今後の取引の信用にも繋がります。ぜひ本記事を参考に、自社に合ったベストな対策を進めてくださいね！

そして何か不明点があれば、遠慮なく専門家や同業者に相談してみましょう。運送業界のみなさんで協力して、この制度を乗り切っていきましょう。最後までお読みいただき、ありがとうございました。