適格請求書発行事業者に登録しないとどうなる？取引先への影響と免税事業者の対策

2023年10月1日に開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、多くの事業者、特にフリーランスや個人事業主、小規模事業者にとって大きな関心事となっています。

適格請求書発行事業者への登録は法律上の義務ではありません。しかし、登録しない選択をした場合、取引先の税負担に影響が及ぶため、自社の取引関係や事業継続に大きな影響を与える可能性があります。

本記事では、インボイス制度の基本から、適格請求書発行事業者に登録しない場合に生じる具体的なリスク、取引先への影響について詳しく解説します。

あえて登録しないメリットや、免税事業者が今後取るべき具体的な対策、負担を軽減するための特例措置まで網羅的に説明しますので、制度対応に悩むすべての事業者様はぜひ参考にしてください。

インボイス制度の基本と「適格請求書発行事業者」とは

まず、インボイス制度の根本的な仕組みと、なぜ「適格請求書発行事業者」への登録が重要視されるのかを理解しておきましょう。

インボイス制度と仕入税額控除の仕組み

インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除を適用するための新しいルールです。

仕入税額控除とは、事業者が国に納める消費税額を計算する際に、売上にかかった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引くことができる制度を指します。この控除があるおかげで、事業者は消費税を二重に負担することを避けられます。

制度導入後、この仕入税額控除を受けるためには、原則として取引相手（売り手）から交付された「適格請求書（インボイス）」の保存が必要不可欠となりました。

適格請求書（インボイス）を発行できるのは登録事業者のみ

適格請求書を発行できるのは、事前に税務署に申請し、登録を受けた「適格請求書発行事業者」だけです。適格請求書発行事業者として登録できるのは、原則として消費税の課税事業者に限られます。

これまで消費税の納税が免除されていた免税事業者（基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者）が適格請求書を発行するためには、自ら課税事業者になることを選択し、登録申請を行う必要があります。

登録事業者には税務署から「T」で始まる13桁の登録番号が付与されます。この登録番号が記載された請求書のみが、適格請求書として認められます。つまり、未登録の事業者は、請求書の書式を整えても適格請求書を発行することはできません。

適格請求書発行事業者に登録しない場合の具体的な影響

では、適格請求書発行事業者に登録しないままでいると、取引において具体的にどのような影響が出るのでしょうか。

取引先の「仕入税額控除」ができなくなる

最も大きな影響は、取引先（買い手）が仕入税額控除を受けられなくなる点です。

あなたが免税事業者のままで、適格請求書を発行できない場合、あなたと取引をした課税事業者は、あなたに支払った代金に含まれる消費税額を、自社が納める消費税額から控除できなくなります。

結果として、取引先は消費税分を自社で負担することになり、税負担が増加してしまいます。これが、インボイス制度において未登録事業者が取引上不利になる根本的な理由です。

負担緩和のための「経過措置」とその影響

制度開始直後の急激な変化を緩和するため、政府は経過措置を設けています。これにより、免税事業者からの仕入れであっても、一定期間は一定割合の仕入税額控除が認められます。

• 2023年10月1日～2026年9月30日
  仕入税額相当額の80%まで控除可能
  
• 2026年10月1日～2029年9月30日
  仕入税額相当額の50%まで控除可能
  

この経過措置があるため、制度開始直後は取引先への影響が限定的で、取引が継続されるケースも多く見られます。しかし、この控除割合は段階的に引き下げられ、2029年10月1日以降は完全に控除ができなくなります。将来的には、未登録事業者との取引コストがさらに増大することは避けられません。

登録しないことで生じる3つの経営リスク

取引先の税負担が増えることは、自社の経営に直接的なリスクとなって跳ね返ってきます。具体的には、以下の3つのリスクが考えられます。

リスク1：新規・既存の取引を失う可能性

課税事業者である取引先にとって、仕入税額控除ができない相手との取引は、コストが増えることを意味します。そのため、同じ品質や価格であれば、適格請求書を発行できる事業者を選ぶのが合理的です。結果として、未登録のままでは既存の取引先から取引を打ち切られたり、新規の取引先候補から敬遠されたりするリスクが高まります。

特に、コンプライアンスを重視する大手企業などは、取引先を選定する際に「適格請求書発行事業者であること」を必須条件とする動きが広がっています。インボイスに未対応であることが、ビジネスチャンスを失う直接的な原因になり得ます。

リスク2：消費税分の値下げ交渉をされる可能性

取引が継続できたとしても、取引先から消費税相当額の値下げを要求されるリスクがあります。買い手側からすれば、仕入税額控除ができない分の負担を、売り手であるあなたに価格交渉という形で転嫁しようとするのは自然な流れです。

例えば、「インボイスを発行できないのであれば、消費税10%分を値引きしてほしい」といった交渉を受ける可能性は十分に考えられます。この要求に応じれば、実質的な手取り収入が減少します。免税事業者として消費税の納税を免れているメリットが、値下げによって相殺されてしまうことになりかねません。

ただし、買い手の優越的な地位を利用した一方的な値下げ要求は、独占禁止法や下請法に違反する可能性があります。しかし、双方合意の上での価格見直しは違法ではないため、交渉のテーブルにつかざるを得ない場面は増えるでしょう。

リスク3：事業拡大の足かせとなる可能性

現在は取引先が免税事業者や一般消費者のみで問題がなくても、将来的に事業を拡大しようとする際に、インボイス未登録が障壁となる可能性があります。

例えば、新たに大企業との取引を目指したり、BtoB向けのサービスを展開したりする場合、適格請求書の発行はほぼ必須の条件となります。その段階で慌てて登録しようとしても、スムーズに取引を開始できないかもしれません。

「インボイス未対応」という状態が、企業の成長機会を制限してしまうリスクがあることも認識しておく必要があります。

登録しない選択｜メリットと注意点を徹底解説

リスクがある一方で、あえて適格請求書発行事業者に登録しないという選択肢にもメリットは存在します。自社の状況によっては、登録しないことが最適な判断となる場合もあります。

登録しない場合のメリット

最大のメリットは、消費税の納税義務が免除され続けることです。

免税事業者のままでいれば、売上にかかる消費税を国に納める必要がありません。また、消費税の申告や納税に伴う複雑な事務手続きも発生しないため、経理業務の負担を増やさずに済みます。資金力や人的リソースが限られる小規模事業者にとって、この納税負担と事務負担の回避は大きな利点と言えるでしょう。

登録しなくても影響が少ないケース

以下のような事業モデルの場合、インボイスに登録しなくても事業への影響は比較的小さいと考えられます。

• 取引先が一般消費者のみの場合（BtoC）
  美容室、学習塾、小売店など、顧客が最終消費者である場合、相手は仕入税額控除を行わないため、適格請求書を求められることはありません。
  
• 取引先も免税事業者や簡易課税事業者である場合
  取引相手も同じ免税事業者であったり、簡易課税制度を選択していて適格請求書の必要性が低かったりする場合には、大きな問題は生じにくいです。
  
• 自社が提供するサービスに独自の強みがある場合
  他では代替できない専門的なスキルや独自の商品を提供している場合、買い手は税負担が増えても取引を継続したいと考える可能性があります。

登録しない場合の注意点

登録しない選択をする場合でも、いくつかの点に注意が必要です。

まず、現在は取引先に問題がなくても、その取引先が将来、課税事業者になったり、方針を変更したりする可能性があります。

また、前述の通り、経過措置の控除割合が段階的に縮小されるにつれて、取引先の態度が厳しくなることも考えられます。「今は大丈夫」という状況が、数年後も続くとは限りません。

常に取引先の動向や制度の変更に注意を払い、いつでも方針転換できるよう準備しておく姿勢が求められます。

【状況別】免税事業者が今すぐ取るべき対応策

インボイス制度にどう向き合うか。自社の状況を正確に把握し、戦略的に判断することが重要です。ここでは、免税事業者が取るべき具体的な対応策をケース別に解説します。

まずは自社の状況を正確に把握する

最初に行うべきは、自社の取引状況の棚卸しです。

1. 主要な取引先をリストアップする
2. 各取引先が課税事業者か免税事業者かを確認する
3. 取引先に、インボイス登録に関する意向をそれとなく確認する

この現状分析を通じて、インボイス未登録のリスクが自社にとってどの程度大きいのかを客観的に判断しましょう。

ケース1：登録しないことを選択する場合の対策

取引先への影響が少ないと判断し、当面は免税事業者を継続する場合でも、以下の対策を講じておくことが賢明です。

• 取引先への丁寧な説明
  自社が適格請求書発行事業者ではないことを事前に伝え、理解を求めましょう。請求書に「※当事業者は適格請求書発行事業者ではありません」と明記するのも有効です。
  
• 価格交渉への備え
  値下げ交渉をされる可能性を想定し、自社の利益構造を再確認しておきましょう。どこまでなら譲歩できるのか、最低限確保したい利益はいくらかを明確にしておくことが重要です。
  
• 新規顧客の開拓
  既存の課税事業者との取引が減少するリスクに備え、一般消費者や免税事業者など、インボイスを必要としない新たな顧客層の開拓に力を入れるのも一つの戦略です。

ケース2：登録することを選択する場合の準備

主要な取引先が課税事業者であり、取引継続のために登録が不可避と判断した場合は、速やかに準備を進めましょう。

• 登録申請手続き
  「適格請求書発行事業者の登録申請書」を、e-Taxまたは所轄の税務署への郵送で提出します。登録が完了し、登録番号が通知されるまでには一定の期間がかかるため、早めに手続きを行いましょう。
  
• 請求書フォーマットの変更
  適格請求書の要件（登録番号、適用税率、消費税額等）を満たした新しい請求書のフォーマットを準備します。
  
• 納税資金の準備と負担軽減措置の検討
  課税事業者になると消費税の納税義務が生じます。納税資金の確保はもちろん、後述する「2割特例」や「簡易課税制度」といった負担軽減措置の活用を積極的に検討しましょう。

迷ったら検討したい！負担軽減措置の活用

インボイス登録に伴う税負担や事務負担を軽減するため、期間限定の特例や制度が用意されています。これらを活用しない手はありません。

2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）

「2割特例」は、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった事業者を対象とした、非常に有利な制度です。

• 対象者: インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった事業者
• 内容: 納める消費税額を、売上税額の2割に軽減できる
• 適用期間: 2023年10月1日～2026年9月30日の属する課税期間
• メリット: 事前の届出は不要で、申告時に選択するだけ。事務負担が非常に軽い。

例えば、年間売上（税抜）が500万円の場合、預かる消費税は50万円です。2割特例を使えば、納める税額はその2割である10万円で済みます。

簡易課税制度

「簡易課税制度」は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が選択できる制度です。

対象者

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者

内容

売上にかかる消費税額に、事業区分ごとに定められた「みなし仕入率」を掛けて、納める税額を計算する

メリット

実際の経費を計算する必要がなく、事務負担を軽減できる

注意点

適用を受けるためには、原則として適用したい課税期間の開始日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要。

みなし仕入率は、卸売業（90%）、小売業（80%）、製造業（70%）、サービス業（50%）など、業種によって異なります。2割特例の対象期間中は、多くの場合で2割特例の方が有利になりますが、期間終了後を見据えて簡易課税制度の検討も進めておくとよいでしょう。

よくある質問（FAQ）

最後に、インボイス制度に関してよく寄せられる質問にお答えします。

Q1. 登録申請はいつまでに必要ですか？

適格請求書発行事業者として登録を受けたい課税期間の初日から登録を受けるためには、原則としてその課税期間の初日の15日前までに申請書を提出する必要があります。

ただし、経過措置により、2029年9月30日までは、登録希望日を記載すればその日から登録が可能です。

Q2. 一度登録したら、取り消しはできますか？

はい、取り消しは可能です。「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出することで、登録を取り消して免税事業者に戻ることができます。ただし、取り消しには一定の期間制限があるため注意が必要です。

Q3. 売上が1,000万円を超えたらどうなりますか？

基準期間の課税売上高が1,000万円を超えた場合、その2年後（法人の場合は翌々事業年度）から自動的に課税事業者となり、消費税の納税義務が生じます。この場合、インボイス登録の有無にかかわらず納税が必要になるため、取引先のことを考えれば、課税事業者になるタイミングで登録するのが一般的です。

まとめ

インボイス制度の下で適格請求書発行事業者に登録しないという選択は、消費税の納税義務を負わないというメリットがある一方で、取引の減少や値下げ交渉といった深刻なリスクを伴います。

この問題の最適解は、すべての事業者に共通するものではありません。自社の事業内容、取引先の構成、そして将来の事業計画を総合的に考慮して、主体的に判断することが何よりも重要です。

取引先が一般消費者や免税事業者中心なら、当面は登録を見送り、状況を注視するという選択も現実的です。取引先が課税事業者中心で、今後の取引継続を望むなら、負担軽減措置を活用しつつ、早期に登録する方が賢明でしょう。

インボイス制度への対応は、もはや単なる経理の問題ではなく、経営戦略そのものです。本記事で解説したリスクと対策を参考に、自社にとって最善の道を選択し、変化するビジネス環境に柔軟に対応していきましょう。不安な点があれば、税理士などの専門家に相談することも強くお勧めします。