インボイス制度の経過措置とは何か？概要からスケジュールまで徹底解説

2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、多くの事業者にとって大きな制度変更です。

本記事ではインボイス制度の経過措置に焦点を当て、制度の概要と導入背景から、具体的な経過措置の内容、2023年から2029年にかけての段階的なスケジュール、事業者別の影響や注意点、実務上の対応方法、そして今後の制度動向までをわかりやすく解説します。

インボイス制度対応に不安を感じている中小企業やフリーランス・個人事業主の方は、ぜひ最後までご覧ください。

インボイス制度の概要と導入背景

インボイス制度とは、事業者が仕入れにかかった消費税の仕入税額控除を受けるために、取引相手から受け取った適格請求書（インボイス）を保存することを義務付ける新しい仕組みです。

正式名称を「適格請求書等保存方式」といい、消費税率や税額、登録番号など一定の事項が記載された請求書類のみが仕入税額控除の根拠となります。

この制度が導入された背景には主に二つの理由があります。第一に、2019年10月の消費税率引き上げと軽減税率（8%）の導入により、税率が複数混在する状況となり、正確な消費税の把握と流通を図る必要性が高まったことです。

適格請求書を用いることで、売り手・買い手双方が正確な適用税率と税額を認識し、公平に消費税を負担できる仕組みを整備する狙いがあります。

第二に、従来の制度では免税事業者（年間売上高1,000万円以下で消費税納税義務が免除されている事業者）との取引において、実際には納税されていない消費税分も買い手側が控除できてしまうという不公平が存在しました。

例えば、免税事業者が発行した請求書でも、その中に含まれる消費税相当額が仕入税額控除の対象となっていたため、国に納められていない税が控除される構造になっていたのです。

インボイス制度はこの不整合を正す目的もあり、消費税の納税の透明性と公平性を確保するために導入されました。

しかし、新制度への移行は特に小規模事業者に大きな影響を及ぼします。

免税事業者は適格請求書を発行できないため、インボイス制度開始後は免税事業者と取引する課税事業者（消費税の納税義務がある事業者）が仕入税額控除を受けられなくなります。

その結果、買い手である課税事業者は実質的なコスト増となり、売り手である免税事業者は「インボイスが発行できない取引先」と見なされて取引継続が難しくなるリスクが生じます。

実際、フリーランスや小規模な個人事業主の中には、適格請求書発行事業者の登録（課税事業者になること）をしないと発注を打ち切られる可能性がある、と懸念する声もあります。

こうした急激な影響を緩和し、円滑に新制度へ移行するために設けられたのが「経過措置」です。

経過措置とは？設けられた理由と概要

インボイス制度の経過措置とは、新制度開始後の一定期間に限り、従来制度からの移行によって生じる不利益や混乱を軽減するために特別に設けられた暫定的な措置のことです。特に焦点となるのは、免税事業者との取引に関する扱いです。

経過措置期間中は、免税事業者からの課税仕入れについて、たとえ適格請求書がなくても、その消費税額相当分の一部を仕入税額控除できる緩和策が用意されています。

これにより、買い手である課税事業者は新制度開始直後からいきなり全額の控除不可（コスト増）となる事態を避けることができ、売り手である免税事業者側も取引機会を徐々に確保しながら適格請求書発行事業者への移行を検討する猶予が生まれます。

また、免税事業者自身がインボイス発行事業者（課税事業者）になる際の手続きを簡素化する措置や、新たに課税事業者となった小規模事業者の納税額を軽減する措置など、他にも様々な経過措置が講じられています。

以下で、主な経過措置の具体的な内容を網羅的に解説していきます。

インボイス制度における主な経過措置の内容

1. 免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除の特例
（仕入税額80%・50%控除）

インボイス制度開始後、適格請求書のない取引は原則として仕入税額控除を受けられません。

しかし、2023年10月1日から2029年9月30日までの6年間に限り、免税事業者など適格請求書を発行できない事業者からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を仕入税額としてみなし、控除できる経過措置が設けられています。

具体的には、制度開始から最初の3年間（2023年10月1日～2026年9月30日）は支払った消費税額相当分の80%までを控除可能、次の3年間（2026年10月1日～2029年9月30日）は50%まで控除可能とされます。

2029年10月1日以降はこの特例が終了し、適格請求書の保存がない課税仕入れに対する消費税は一切控除できなくなる予定です。

この仕入税額控除の経過措置を適用するためには、一定の要件を満たす必要があります。買い手側の事業者は、免税事業者から受け取った請求書類を保存しなければなりません。

ただしその請求書は適格請求書ではないため、区分記載請求書等（従来の様式の請求書）と同様の記載事項（取引年月日、取引内容、税込金額、適用税率ごとの金額など）が明記されている必要があります。

そして、経過措置の適用を受ける旨や相手が免税事業者であることを記載した帳簿（仕入れ明細）を保存することが求められます。

適格請求書そのものはなくても、これらの請求書控えと帳簿を備えていれば、上記割合に応じた仕入税額控除が認められる仕組みです。

例えば、免税事業者からの仕入れに含まれる消費税相当額が10万円だった場合、経過措置によって2026年9月末まではその80%である8万円、2026年10月以降～2029年9月末までは50%である5万円を、それぞれ仕入税額として控除することができます。

新制度開始当初からいきなり「控除ゼロ」にしてしまうと企業間取引が混乱するため、このように段階的な緩和措置が用意されているのです。

2. 適格請求書発行事業者の登録に関する経過措置（課税事業者選択届出の不要化）

免税事業者がインボイス発行事業者として登録を受けるには、通常であれば事前に課税事業者選択届出書を税務署に提出し、自ら消費税の課税事業者に転換する手続きを取る必要があります。

しかしインボイス制度の導入に伴い、2023年10月1日から2029年9月30日までの期間に限っては、この手続きを簡略化する経過措置が設けられました。

具体的には、上記期間中であれば適格請求書発行事業者の登録申請を行うだけで、自動的にその登録日から消費税の課税事業者となることができます。

わざわざ課税事業者選択届出書を別途提出しなくても済むため、免税事業者がスムーズにインボイス発行事業者へ移行できるよう配慮されています。

例えば、本来であれば2023年10月1日付で課税事業者になるためには遅くとも同年3月末までに届出が必要でしたが、経過措置により10月以降であっても登録希望日の15日前までに登録申請すれば、その日から課税事業者としてインボイス発行が可能となりました。

なお、免税事業者が経過措置期間中にこの手順で課税事業者となった場合でも、一度課税事業者になった後は一定期間は免税事業者に戻れない点に注意が必要です。

消費税法では任意で課税事業者を選択した場合、その適用を開始した課税期間から2年間は免税事業者に戻れない（いわゆる「2年縛り」）というルールがあります。

当初インボイス制度導入時には、この2年縛りを経過措置により適用しない特例も検討されましたが、最終的な制度改正では2023年10月1日付で課税事業者となったケースを除き、登録した課税期間の翌課税期間から2年間は免税事業者に戻れない扱いとなりました。

つまり、2023年中に登録した事業者以外は、登録後最低2年間は消費税の申告・納税義務が継続するということです。インボイス発行事業者の登録を検討している免税事業者は、この点も踏まえて判断する必要があります。

3. 小規模事業者の消費税納税額に対する特例（いわゆる「2割特例」）

インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者となった小規模事業者（フリーランスや個人事業主、中小企業など）に対しては、消費税の納税額を大幅に軽減する特例措置（通称：2割特例）が用意されています。

これは、課税期間中の消費税の申告において、納付税額を通常よりも低く計算できる救済策です。

具体的には、該当事業者は売上にかかる消費税額の2割を納税すれば足りるとされており、裏を返せば売上税額の80%相当を仕入税額控除の額としてみなし計算できることになります。

平たく言えば、インボイス発行事業者となって消費税を預かった場合でも、そのうち8割分は納税せず手元に残してよいという特例です。

免税事業者だった事業者が急に消費税を満額納めなければならなくなると資金繰りが厳しくなる恐れがありますが、この2割特例によって実質的な納税負担は売上の消費税額の20%分で済むため、消費税の支払いによる利益圧迫をある程度緩和できます。

この2割特例の適用対象となるのは、インボイス制度の開始を契機に免税事業者から課税事業者（適格請求書発行事業者）になった事業者のみです。

具体例としては、「もともと免税事業者だった個人事業主がインボイス発行事業者の登録を受けて課税事業者となったケース」や「免税事業者が2023年10月から課税事業者になるために課税事業者選択届出書を提出し、その上で登録を受けたケース」（※）などが該当します。

一方で、基準期間（2期前）における課税売上高が1,000万円を超えるような事業者や、資本金1,000万円以上の新設法人、あるいは多額の棚卸資産を取得して仕入税額控除を行った場合などはこの特例の対象外となる点にも注意が必要です
（基本的に大企業や意図的な節税が想定されるケースは除外されています）。

※なお、2023年10月より前に課税事業者に既になっている者（すなわち制度開始以前から課税事業者だった場合）は、初年度の申告にこの2割特例を適用することはできません。

2割特例が適用できる期間は限定されており、2023年10月1日から2026年9月30日までを含む課税期間に限られます。

個人事業主の場合であれば2023年分、2024年分、2025年分（課税期間＝暦年）あたりが該当し、法人の場合は事業年度の期首がその期間にかかっていれば適用可能です。

この期間を過ぎたあとは2割特例は使えなくなるため、適用事業者はその後は通常の原則課税または簡易課税制度によって消費税の申告・納付を行うことになります。

なお、2割特例と並ぶ小規模事業者向けの消費税負担軽減策である簡易課税制度（みなし仕入率による簡便計算）についても、経過措置期間中は柔軟に適用が認められています。

2割特例の適用後に簡易課税へ切り替えることも可能で、自社の事業形態や経費構造に応じて有利な方式を選択することができます。

4. 帳簿・請求書保存要件に関する特例（少額取引における簡便措置）

インボイス制度では原則、適格請求書の保存が仕入税額控除の必須要件ですが、ごく少額の取引については事務負担を軽減する特例が設けられています。

具体的には、1万円未満の少額な課税仕入れについては、適格請求書を受領・保存していなくても、一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められる措置があります。

この特例も経過措置として2023年10月1日から2029年9月30日まで適用されます。

例えば自動販売機やコイン式サービスなどで発行される簡易な領収書しかない支払い、あるいはタクシーや飲食店での少額の支出など、インボイス発行が困難または現実的でない取引が該当します。

これらについては帳簿に「取引日」「金額」「取引先（支払先）の氏名・名称」等を記載して保存しておけば、たとえ適格請求書がなくても仕入税額控除を行うことができます。

また、返品や値引きに伴う適格返還請求書の交付義務緩和もあります。

通常、適格請求書発行事業者同士の取引で返品や値引きが発生した場合、売り手は買い手に対して「適格返還請求書」（マイナスのインボイス）を発行する必要があります。

しかし取引金額が1万円未満の場合は、この返還インボイスの交付が免除される経過措置が設けられています。煩雑な書類対応を省略できるため、頻繁に発生する小口取引の事務負担軽減につながるでしょう。

以上のように、インボイス制度開始に当たっては多岐にわたる経過措置が用意されています。次に、これらの措置がどのようなスケジュールで展開され、いつ何が変わるのかを時系列で整理してみましょう。

2023年から2029年のスケジュールと段階的な変化

インボイス制度と経過措置は、数年間かけて段階的に移行が進みます。主要なタイミングごとの変化を押さえておきましょう。

2023年10月1日（制度開始） 

インボイス制度がスタートし、原則として適格請求書の保存が仕入税額控除の条件となりました。同時に経過措置が導入され、免税事業者からの仕入れは80%まで控除可能、2割特例の利用、少額取引の帳簿保存特例などが始まっています。

この日までに多くの事業者が適格請求書発行事業者の登録を行い課税事業者となりましたが、依然として免税事業者のまま様子を見るケースもあります。

制度開始直後は、請求書フォーマットの変更や取引先のインボイス対応確認などで実務が混乱する場面もありました。

2026年10月1日（経過措置の変更） 

制度開始から3年が経過し、経過措置に大きな変更が生じます。この日を境に、免税事業者からの仕入れについて控除できる割合が80%から50%に引き下げられます。

買い手企業にとっては免税事業者との取引コストが増えるため、取引先との関係見直しが必要になる転換点です。

また、2割特例の適用対象期間（2023年10月～2026年9月末）が終了するため、以降は新たに2割特例を使うことはできません。

免税事業者として残っていた人にとっては、このタイミングで課税事業者になる決断を迫られるケースが増えるでしょう。

2029年10月1日（経過措置の終了）

インボイス制度導入から6年が経過し、この日をもって主要な経過措置がすべて終了します。

免税事業者からの課税仕入れについて認められていた50%控除の特例もなくなり、適格請求書のない取引では一切仕入税額控除ができなくなります。

制度が完全実施段階に移行し、市場では事実上「BtoB取引は全てインボイス対応済み」という状態が想定されます。

元免税事業者の多くはこの時点までに課税事業者となっているか、あるいは企業間取引自体から撤退している可能性があります。

経過措置が終わることで、インボイス制度は当初予定された形で定着することになります。

事業者別の影響と注意点

インボイス制度の導入と経過措置の内容は、事業規模や業態によって受ける影響が異なります。ここでは、大きく「中小企業」と「フリーランス・個人事業主」のケースに分けて、それぞれの影響や注意点を述べます。

中小企業の場合

課税売上高が1,000万円を超える中小企業はもともと消費税の納税義務がありますが、インボイス制度の開始によって仕入れ・経費処理の対応が大きく変わります。

自社が請求書を発行する立場では、必ず適格請求書発行事業者の登録を済ませ、請求書様式に登録番号や税率ごとの消費税額などを記載するようにします。

一方、仕入先や外注先については、その取引先がインボイス発行事業者かどうかの確認が必須です。

社内で取引先リストを作成し、誰がインボイス発行事業者か、未対応の場合は経過措置による控除対象かを管理しましょう。

経過措置期間中でも2026年以降は控除率が下がるため、主要な仕入先がまだ免税事業者であれば早めに登録を働きかけるか、価格条件の見直し交渉を行うことが必要になります。

中小企業はまた、社内の経理システムや業務フローの整備も重要です。会計ソフトや請求書管理ソフトをインボイス制度対応版にアップデートし、適格請求書の保存と仕訳処理を正確に行えるようにしてください。

免税事業者との取引がある場合は、帳簿に経過措置適用である旨を記録する運用を徹底します。人手での対応が難しい場合、ソフトウェアやクラウドサービスの機能を活用して自動仕分け・自動判別させることも検討しましょう。

インボイス制度対応には国や自治体の補助金・支援策も用意されていますので、有効活用して負担軽減に努めることもポイントです。

フリーランス・個人事業主の場合

フリーランスや個人事業主など、小規模で事業を営む方々にとって、インボイス制度は自らの働き方や収入に直結する問題となります。

特に年間売上高が1,000万円以下の免税事業者であった人は、インボイス制度開始によって大きな決断を迫られました。

主な取引先（発注元）が法人や他の課税事業者である場合、インボイスを発行できないままだと取引先が仕入税額控除を受けられず、不利な取引先と見なされてしまうリスクがあります。

経過措置期間中は、例えば最初の3年間は相手先は80%まで控除できますが、控除できない20%相当分は取引先にとって追加コストです。

その負担が無視できない場合、取引先から「インボイスを発行できるよう課税事業者になってほしい」と求められたり、あるいは取引額の減額や契約解除といった厳しい対応を取られる可能性もあります。

こうした状況を踏まえ、フリーランス・個人事業主の方は自分がインボイス発行事業者になるべきかどうかを慎重に検討する必要があります。

もし主たる顧客が企業であり、今後も取引を続けたいのであれば、課税事業者への転換（インボイス発行事業者の登録）を前向きに考える方が良いでしょう。

課税事業者になれば売上に対して消費税を預かり納税する義務が生じますが、その代わり取引先からは引き続き選ばれる存在となれます。

納税負担については、前述した2割特例が2026年分まで使えるため、当面の間は預かった消費税のうち2割のみ納めれば済み、残りは事業資金として手元に残せます。

例えば年間売上800万円・消費税率10%の場合、本来であれば約80万円の消費税を納税するところ、2割特例なら16万円の納税で済む計算です（残りの64万円は納税免除）。

このように、免税事業者から課税事業者になるデメリットを緩和する措置があるため、経過措置期間中に限って言えば「インボイスに対応して取引先との関係維持を図りつつ、消費税納税の負担は最低限に抑える」という選択も可能となっています。

なお、課税事業者になる以上、事業用経費にかかる消費税は今後仕入税額控除で還付・相殺できますので、免税事業者だった頃に比べて支出面でも多少のメリットが生じる点も考慮できます。

一方、自身の顧客が一般消費者（BtoC中心）であるフリーランス・小規模事業者の場合や、売上規模が小さく消費税納税の事務負担を負えない場合には、引き続き免税事業者でいる選択肢もあります。

経過措置のおかげで、あなたと取引する企業側は一定期間は仕入税額控除を部分的に受けられます。

そのため、取引先とよく話し合い、「当面は免税事業者のままだが3年間は80%の控除が効くので取引を続けたい」旨を伝え理解を得るケースもあるでしょう。

ただし繰り返しになりますが、2026年以降は控除率低下、2029年以降は控除不可となります。長い目で見れば、最終的には課税事業者にならざるを得ない状況が訪れる可能性が高いです。

免税事業者のままでいる場合でも、経過措置期間のうちに今後の方針を検討しておくことが大切です。

例えば、「2026年の50%控除に下がるタイミングまでは免税事業者で粘り、取引先にも協力を仰ぐが、それ以降は登録する」といった中期的な戦略を立てるのも一案です。

また、免税事業者を続ける場合でも、取引先には自身がインボイス未登録であることを明確に伝え、請求書にもその旨（適格請求書ではない旨）を記載するなど、相手方が経過措置を適用しやすいよう情報提供する配慮も必要でしょう。

フリーランス・個人事業主は往々にして税務や経理に割けるリソースが限られています。

インボイス制度対応にあたっては、税理士や専門家に相談したり、国税庁や商工会議所等が開催する説明会・セミナーを活用したりして、最新情報を収集することをおすすめします。

自分の場合はどの経過措置が使えるのか、2割特例と簡易課税はどちらが有利か、といった個別の疑問については専門家の助言を得ながら判断すると良いでしょう。

実務上の留意点と対応策

最後に、インボイス制度の経過措置を踏まえた実務上のポイントと対応策をまとめます。

取引先のインボイス対応状況を把握する

自社の取引先が適格請求書発行事業者かどうかをリストアップして確認しましょう。国税庁のデータベースで登録番号の検索が可能です。

この作業によって、どの取引が経過措置対象（非インボイス）になるか把握でき、取引先ごとの対応方針（登録の働きかけ、価格交渉など）を立てやすくなります。

請求書様式の確認と保存体制の整備

請求書の記載事項が制度に合致しているか点検し、会計ソフトや請求書発行システムを最新版にアップデートしましょう。登録番号、税込価格と税額の内訳、適用税率などの記載漏れがないようにします。

また、受領した請求書は紙・電子を問わず適切に保存し、帳簿と紐付けて管理する体制を整備します。経過措置適用の取引については帳簿の備考にその旨を記載するなどして、後日の税務調査でも説明できるようにしておきます。

会計処理と申告時の対応

経過措置による控除割合の減少や2割特例の適用は、会計処理や消費税申告で通常と異なる扱いが必要です。

自社の会計ソフトで非適格請求書の仕入れを入力する際に控除対象外分を自動計算する設定をする、または申告時に控除不適用額を手動調整するなどの方法を決めておきましょう。

税務申告ソフトにも2割特例に対応した項目が用意されていますので、確定申告時には見落とさないようにしてください。

資金繰りと価格設定の見直し

課税事業者になる場合、預かった消費税を納税するための資金管理が重要です。経過措置で納税額が軽減されている間も、将来的な納税に備えて消費税相当額を別管理しておくと安心です。

また、課税事業者になったことで実質値下げになってしまう取引がないか確認しましょう。

必要に応じて価格改定（消費税分の上乗せや値引き縮小）を行い、利益確保に努めます。経過措置が終われば満額納税となるため、早めに適正な価格設定に移行しておくことも大切です。

最新情報の収集と周知

インボイス制度に関するルールや経過措置の運用は、税制改正などで変更される場合があります。例えば、2024年度改正では自販機での領収書に関する保存要件緩和などの措置が盛り込まれました。

常に国税庁や税務関連のニュースをチェックし、必要に応じて社内の経理担当者や関係者へ情報を共有しましょう。経過措置終了が近づいたら改めて対応策を検討し、取引先との調整や社内システムの準備を怠りなく進めてください。

今後の制度動向とまとめ

インボイス制度は予定どおり施行され、経過措置も計画されたスケジュールで段階的に縮小していく見込みです。

政府は現時点で制度撤廃や大幅延期を検討していないものの、小規模事業者への追加支援策などが議論される可能性はあります。

実際、地方議会や業界団体から制度見直しを求める意見も出ていますが、政府は適格請求書発行事業者への円滑な移行を促すため、補助金や相談窓口の設置などを通じて制度定着に注力しています。

いずれにせよ、経過措置はあくまで一時的な猶予である点を忘れないようにしましょう。この期間に自社の体制整備や取引先との調整を進め、制度が完全実施された後もスムーズに事業を続けられるよう備えることが重要です。

インボイス制度の導入は企業経営にとって大きな転換ですが、事前に対策を講じ、制度の趣旨を正しく理解して対応すれば、必要以上に恐れることはありません。

経過措置を上手に活用しながら、ぜひ早めの準備と情報収集に努めてください。

そうすることで、経過措置終了後も安心してビジネスを継続し、税務面でのトラブルを避けることができるでしょう。