ストックオプションの仕組みと税金、確定申告の方法

スタートアップ企業を中心に多くの従業員がストックオプションを活用し、企業の成長と共に経済的な成功を手にしています。その成功は偶然ではなく、正しい知識に基づいた戦略の結果です。

一方で、「税金の仕組みが複雑で分かりにくい」「権利がいつ確定するのか不明確」といった不安を感じる方も少なくないでしょう。

本記事では、ストックオプションの基本的な仕組みから、資産形成において最も重要となる税金の知識、具体的な手続きに至るまで、専門用語を平易な言葉で解説し、誰にでも実践可能な形で体系的に説明します。

ストックオプションの概要

ストックオプションの核心

ストックオプション（SO）とは、自社の株式を、あらかじめ決められた価格（権利行使価格）で、所定の期間内に購入できる「権利」を付与される制度です。ここで最も重要なのは、付与されるのが株式そのものではなく、あくまで購入する「権利」であるという点です。

この「権利」という性質が、ストックオプションを魅力的なものにしています。もし会社の株価が権利行使価格を下回った場合、権利を行使しない選択が可能です。つまり、株式を直接購入する場合とは異なり、株価下落による損失リスクを回避できます。

法的には、ストックオプションは「新株予約権」の一種として位置づけられています。一般的な新株予約権が資金調達を目的として広く一般投資家にも発行されるのに対し、ストックオプションは主に従業員や取締役、外部協力者など、会社内部の関係者へのインセンティブ（報酬）として付与される点で区別されます。

利益が生まれる仕組み

ストックオプションで利益が生まれる仕組みは非常にシンプルです。従業員の貢献によって会社の業績が向上し、株価が上昇すれば、その上昇分が利益となります。

例えば、次のようなケースを考えてみましょう。

権利付与時に、自社の株式を1株100円で購入できる権利（権利行使価格100円）を1万株分付与されたとします。数年後、会社の業績が大きく成長し、株価が1株3,000円に上昇した時点で権利を行使します。

この場合、1株100円で1万株を100万円で取得し、その株式を市場価格の1株3,000円で売却することで、3,000万円の現金を得ることができます。差額の2,900万円（3,000万円 – 100万円）が、キャピタルゲインとして利益になります。このように、会社への貢献が直接的に大きな資産として還元されるのです。

従業員持株会との違い

ストックオプションと混同されやすい制度に「従業員持株会」があります。両者は似て非なるものであり、その違いを理解することは重要です。

従業員持株会は、毎月の給与からの天引きなどを通じて、実際に自社株を少しずつ購入・保有していく制度です。株主として配当金を受け取れるメリットがありますが、株価が下落した場合には、保有する株式の価値も下がり、直接的な損失を被るリスクが伴います。

一方、ストックオプションは、あくまで「株式を購入する権利」です。株価が権利行使価格を上回った場合にのみ権利を行使すればよく、下回った場合は権利を放棄することで金銭的な損失を避けられます。このリスクの低さが、従業員持株会との大きな違いです。

ストックオプションを受け取ることは、単なる報酬の受け取りとは本質的に異なります。特に資金が潤沢ではないスタートアップ企業が、優秀な人材を惹きつけるために活用するこの制度は、未来の報酬を約束するものです。つまり、従業員は会社の未来に自身の時間と能力を投資する「投資家」としての側面も持つことになります。

ストックオプションのメリットとデメリット

ストックオプションは、従業員と企業双方に大きな利益をもたらす可能性がある一方で、注意すべきデメリットも存在します。両方の側面を理解し、その価値を正しく評価することが重要です。

従業員にとってのメリット

従業員にとっての最大のメリットは、会社の成長に貢献することで、給与や賞与とは比較にならないほどの経済的リターンを得られる可能性です。特に、IPO（株式公開）やM&A（合併・買収）が実現した際には、数千万から億単位の資産を形成することも可能です。

また、会社の株価と自身の利益が直結するため、日々の業務に対する当事者意識が格段に高まります。「会社の業績を上げることが、自らの資産を増やすことにつながる」という意識は、仕事への強力なモチベーションとなるでしょう。

さらに、前述の通り、ストックオプションは「権利」であるため、株価が行使価格を下回っても権利を行使しなければ損失は発生しません。この金銭的リスクの低さは、直接的な株式投資と比較した場合の大きな利点です。

企業にとっての戦略的メリット

企業側から見ると、ストックオプションは優秀な人材を獲得し、定着させるための強力な武器となります。特に資金力に乏しいスタートアップにとって、将来の大きな報酬を提示することで、現在の給与水準では採用が難しい優秀な人材を惹きつけ、長期的な活躍を促すことができます。

また、従業員へのインセンティブを、手元の現金を流出させることなく提供できる点も大きなメリットです。事業成長のために貴重なキャッシュを温存しながら、魅力的な報酬制度を構築できます。

そして、従業員が株主と同じ視点を持ち、企業価値の向上という共通の目標に向かって邁進するようになります。これにより、組織全体の一体感が醸成され、経営者と従業員がパートナーとして共に成長を目指す企業文化を育むことにも繋がります。

知っておくべきデメリットと注意点

ストックオプションの価値は、すべてが将来の株価上昇にかかっています。もし会社の業績が伸び悩み、株価が行使価格を上回らない「水面下の（underwater）」状態が続くと、期待が失望に変わり、従業員のモチベーションを著しく低下させる可能性があります。

また、ストックオプションが大量に行使されると、発行済株式総数が増加し、1株あたりの価値が低下する「希薄化（dilution）」が生じます。これにより創業者や既存投資家の持分比率が低下するため、発行するストックオプションの割合は、一般的に発行済株式総数の10%から15%程度に抑えるのが望ましいとされています。

付与基準の不透明性も問題となることがあります。ストックオプションの付与が一部の従業員に偏っていたり、基準が不明確であったりすると、社内に不公平感を生み、組織の士気を下げる原因となり得ます。

さらに、権利行使の条件設計が不十分だと、IPO直後に権利を行使した従業員が一斉に退職してしまうといった人材流出のリスクも考慮しなければなりません。

ストックオプションの種類と税制

ストックオプションで得られる利益を最大化するためには、税金の知識が不可欠です。どの種類のストックオプションを付与されるかによって、手元に残る金額が大きく変わることもあります。

全体像：無償と有償の区分

ストックオプションは、権利付与時に対価を支払うか否かで大きく2つに分けられます。

• 無償ストックオプション
  権利を無償で付与されるタイプです。従業員へのインセンティブとして発行されるもののほとんどが、この無償ストックオプションにあたります。
• 有償ストックオプション
  権利を発行時に購入するタイプです。金銭的な負担はありますが、税制面で有利になる場合があります。

本記事では、最も一般的な「無償ストックオプション」を中心に、その中でも税制上の扱いが大きく異なる「税制適格」と「税制非適格」について詳しく解説します。

税制適格ストックオプション

税制適格ストックオプションは、一定の要件を満たすことで、税制上の大きな優遇措置を受けられる制度です。最大のメリットは、課税タイミングが、権利行使によって得た株式を売却した時の一回のみである点です。

この場合、利益は「譲渡所得」として扱われ、所得額にかかわらず一律約20.315%（所得税15.315%、住民税5%）の分離課税が適用されます。これにより、税負担を大幅に軽減し、手取り額を最大化できます。

この税制優遇を受けるためには、租税特別措置法に定められた以下の要件をすべて満たす必要があります。

• 付与対象者
  自社および子会社の取締役・従業員に限られます。ただし、近年では一定の要件を満たす「社外高度人材」への付与も認められています。
• 権利行使価額
  権利付与の契約を結んだ時点の株価（時価）以上である必要があります。
• 権利行使期間
  原則として、権利付与の決議から2年経過後から10年以内に行使する必要があります。設立5年未満の非上場企業など特定の条件下では、この期間が15年に延長されています。
• 年間権利行使価額の上限
  1年間に権利行使できる合計額は、原則として1,200万円以下と定められています。ただし、令和6年度税制改正により、一定の要件を満たすスタートアップ企業については、この上限が最大3,600万円に引き上げられました。
• その他の要件
  権利の譲渡は禁止されており、権利行使により取得した株式は証券会社の専用口座などで保管・管理される必要があります。

税制非適格ストックオプション

税制適格の要件を満たさないストックオプションは、すべて「税制非適格」として扱われます。こちらには、税務上の大きな注意点が存在します。最大の問題点は、2つの異なるタイミングで課税されることです。

まず、権利を行使して株式を取得した時点で、「権利行使時の株価と権利行使価格の差額」が給与所得とみなされ課税されます。給与所得は他の所得と合算される総合課税の対象となり、所得額に応じて最大で約55%の累進課税が適用されます。この税金は、株式を売却して現金を手にする前に発生するため、納税資金の準備が必要になる場合があります。

その後、取得した株式を売却してさらに利益が出た場合、つまり売却価格が権利行使時の株価を上回った場合、その利益部分が譲渡所得として、約20.315%の税率で再度課税されます。

このような税務上不利な制度が存在する背景には、設計の自由度の高さがあります。税制適格のような厳しい要件がないため、付与対象者を業務委託先の外部協力者にしたり、権利行使価格を時価より低く設定したりと、柔軟なインセンティブ設計が可能です。

その他の特殊なストックオプション

有償ストックオプションは、従業員が発行時に公正な価格を支払って権利を購入するタイプです。金融商品を購入したとみなされるため、税金は一般的に株式売却時の譲渡所得課税（約20.315%）のみとなります。税務上有利ですが、従業員側は初期投資が必要となります。

信託型ストックオプションは、会社が一度信託にストックオプションを預け、後から従業員の貢献度に応じてポイントを付与し、そのポイントに基づいてストックオプションを割り当てる比較的新しい仕組みです。

付与対象者を後から決定できる柔軟性がメリットですが、導入コストが高く、税務上の扱いが複雑です。国税庁の見解により、多くの場合で権利行使時に給与所得として課税されると判断されており、税務メリットは限定的です。

税制適格と税制非適格の比較

この二つの税制の違いは、最終的な手取り額に大きな差を生む可能性があります。以下の表でその違いを整理します。

項目	税制適格ストックオプション	税制非適格ストックオプション
課税タイミング	株式売却時の1回	権利行使時と株式売却時の2回
権利行使時の課税	なし	給与所得として課税
株式売却時の課税	譲渡所得として課税	譲渡所得として課税
適用税率	譲渡所得：約20.315%（分離課税）	給与所得：最大約55%（総合課税） 譲渡所得：約20.315%（分離課税）
メリット	税負担が大幅に軽減される	設計の自由度が高い
デメリット	法律で定められた厳格な要件がある	税負担が重くなる可能性がある

権利行使と資産化のプロセス

ストックオプションは、付与されただけでは価値を生みません。その価値を現実の資産に変えるためには、権利を確定させ（ベスティング）、適切なタイミングで権利を行使し、そして株式を売却するという一連のプロセスを正しく理解し、実行する必要があります。

権利確定の鍵となる「ベスティング」

ストックオプションを付与されても、すぐにすべての権利を行使できるわけではありません。多くの場合、「ベスティング（Vesting）」と呼ばれる権利確定条項が設けられています。ベスティングとは、一定の期間をかけて、ストックオプションを行使する権利が段階的に従業員のものとして確定していく仕組みです。

企業側の主な目的は、優秀な人材に長期間会社に留まってもらうことであり、リテンション戦略の一環として用いられます。

ベスティングにはいくつかの典型的なパターンがあります。多くの場合、「クリフ（Cliff）」と呼ばれる待機期間が設定されます。これは、入社後や権利付与後、一定期間（通常は1年間）は権利が全く確定しない期間を指します。この期間内に退職すると、ストックオプションはすべて失効します。

クリフ期間を過ぎると、一定割合の権利が一度に確定し、その後、残りの権利が一定期間（例えば3年間）にわたって、毎月あるいは四半期ごとに少しずつ確定していきます。例えば「1年クリフ、4年ベスティング」という一般的な条件では、入社1年後に25%の権利が確定し、その後3年間かけて残りの75%が毎月均等に確定していくことになります。

権利行使のタイミングと手続き

権利が確定したら、いよいよ株式を取得する「権利行使」が可能になります。行使の判断基準は、自社の株価が自身の権利行使価格を十分に上回っているかどうかです。株価と行使価格の差額が大きいほど、得られる利益も大きくなります。

権利行使の具体的なプロセスとしては、まず、株式を受け取るための証券口座を開設する必要があります。特に税制適格ストックオプションの場合は、税務上の要件を満たすために専用口座の開設が求められることが一般的です。

次に、会社に対して「権利行使請求書」などの書類を提出し、権利を行使する意思を伝えます。その後、「権利行使価格 × 行使する株数」で算出された金額を、会社が指定する銀行口座に払い込みます。入金が確認されると、数日後に自身の証券口座に株式が入庫され、正式に株主となります。

退職・M&A時の注意点

ストックオプションの権利は、特定の状況下で失われるリスクがあります。特に注意すべきは「退職」と「M&A」のケースです。

多くのストックオプション契約では、退職すると未確定（Unvested）の権利はすべて失効します。さらに日本の企業では、在職していることが権利行使の条件となっている場合が多く、その場合は退職と同時に確定済み（Vested）の権利さえも失効してしまうことがあります。

ただし、契約によっては、定年退職や会社が認める正当な理由がある場合に、退職後も一定期間の権利行使が認められる例外規定が設けられていることもあります。

会社が他社に買収された場合のストックオプションの扱いは、買収契約の条件次第で大きく異なります。買収元の企業がストックオプションの価値を算定して現金で買い取るケースや、買収元企業のストックオプションに交換・引き継がれるケースなどが考えられます。

一方で、契約内容によっては、権利が何の補償もなく消滅してしまう可能性もゼロではありません。

自身の権利は、権利付与契約書の一文によって左右されます。ストックオプションを付与された際は、必ず契約書を隅々まで確認し、特にベスティング、退職、M&Aに関する条項について不明な点があれば、人事部や専門家に確認することが重要です。

税金計算と確定申告の具体例

ストックオプションの価値を最大限に享受するためには、税金の計算と確定申告が不可欠です。ここでは具体的なシミュレーションを通じて、税制の違いが手取り額にどう影響するかを見ていきましょう。

税金シミュレーション

以下の共通のシナリオで、税制適格と非適格の場合の税額を比較します。

• 権利行使価格: 1株 100円
• 付与株数: 5,000株
• 権利行使時の株価: 1株 1,500円
• 株式売却時の株価: 1株 2,500円

税制適格の場合

権利行使時には課税されません。納税額は0円です。

株式売却時に、譲渡所得に対して課税されます。

譲渡所得 = (売却価格 2,500円 – 権利行使価格 100円) × 5,000株 = 1,200万円

税額 = 譲渡所得 1,200万円 × 税率 20.315% = 2,437,800円

最終的な手取り額は、売却益1,200万円から税額2,437,800円を差し引いた9,562,200円となります。

税制非適格の場合

権利行使時に、給与所得として課税されます。

給与所得 = (権利行使時の株価 1,500円 – 権利行使価格 100円) × 5,000株 = 700万円

この700万円が他の給与と合算され、累進課税が適用されます。仮にこの所得に対する税率が23%（控除額636,000円）だった場合、所得税額は (700万円 × 23%) – 636,000円 = 974,000円となります（住民税は別途発生）。この税金は、株式を売却して現金化する前に発生します。

次に、株式売却時に、譲渡所得に対して課税されます。

譲渡所得 = (売却価格 2,500円 – 権利行使時の株価 1,500円) × 5,000株 = 500万円

税額 = 譲渡所得 500万円 × 税率 20.315% = 1,015,750円

権利行使時と売却時の合計税額は、974,000円 + 1,015,750円 = 1,989,750円となります（住民税含まず）。

注：このシミュレーションは特定の条件下での計算例です。税制非適格の場合、給与所得の金額によって適用される税率が大きく変動するため、所得が高額になるほど税負担は重くなります。一般的には、税制適格の方が税務上のメリットは大きいと言えます。

確定申告の手引き

ストックオプションで利益を得た場合、原則として確定申告が必要です。税制適格の場合、株式売却益について自身で申告する必要があります。税制非適格の場合、権利行使時の給与所得分は会社が年末調整で処理してくれることが多いですが、株式売却時の譲渡所得については、源泉徴収ありの特定口座で管理していない限り、自身での申告が必要です。

確定申告の際には、以下の書類が必要となります。

• 確定申告書
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
• 本人確認書類（マイナンバーカードなど）
• 源泉徴収票（給与所得者の場合）
• ストックオプションの付与契約書の写し
• 証券会社から交付される取引報告書など

申告漏れはペナルティの対象となるため、手続きに不安がある場合は、税務署や税理士などの専門家に相談することをお勧めします。

結論

本記事では、ストックオプションの仕組み、税制、そして権利行使から資産化までのプロセスを解説しました。最後に、重要なポイントを再確認します。

ストックオプションは、自身の貢献を企業の成長を通じて資産に転換しうる強力なツールです。

税金の知識、特に「税制適格」と「税制非適格」の違いを理解することが、手取り額を最大化する鍵となります。

権利付与契約書は自身の権利を守る生命線です。ベスティングや退職時の扱いなど、重要な条項を必ず確認してください。

ストックオプションの付与は、従業員であると同時に投資家としての視点を持つことを意味します。会社の将来性を見極め、戦略的に行動することが求められます。

正しい知識を身につけることで、ストックオプションはキャリアと資産を大きく飛躍させる現実的な手段となります。この情報が、そのための第一歩となることを願っています。