適格請求書発行事業者とは？インボイス制度の概要・登録方法とメリットを徹底解説

2023年10月、ついにインボイス制度（適格請求書等保存方式）がスタートしました。この新制度により経理や取引のルールが大きく変わり、中小企業やフリーランスの方々も対応を迫られています。

特に「適格請求書発行事業者」という言葉を耳にしたものの、「一体それは何なのか？」と疑問に思っている方も多いでしょう。

本記事では、適格請求書発行事業者の概要から登録方法、そして登録することのメリットまでをわかりやすく解説します。インボイス制度にどう対応すれば良いか悩んでいる経営者・個人事業主の方は、ぜひ最後までお読みください。

INVOYなど便利なサービスを活用することで、複雑そうに見えるインボイス対応もスムーズに乗り切ることができます。

適格請求書発行事業者とは

適格請求書発行事業者とは、一言でいうと「適格請求書（インボイス）を発行できると税務署に認められた事業者」のことです。インボイス制度では、事業者が仕入時に支払った消費税を差し引いて納税できる仕入税額控除を受けるために、「適格請求書」と呼ばれる所定の要件を満たした請求書の保存が必要になります。

この適格請求書を発行できるのは、所轄の税務署に申請をして登録を受けた事業者だけです。登録を受けた事業者には「適格請求書発行事業者の登録番号」が付与され、その番号を請求書に記載することでインボイス（適格請求書）として認められます。

つまり、適格請求書発行事業者とは「インボイス発行の公式な資格を持つ事業者」と言えます。課税事業者（消費税の納税義務がある事業者）であれば登録が可能ですが、免税事業者（売上規模が小さく消費税が免除されている事業者）は登録を受けることができません。

もし現在免税事業者であっても、登録申請を行い承認されればその時点から課税事業者となり、晴れて適格請求書発行事業者としてインボイスを発行できるようになります（※一度登録すると一定期間は免税事業者には戻れない点に注意）。

インボイス制度の概要

では、適格請求書発行事業者の背景にあるインボイス制度とはどのようなものでしょうか。インボイス制度の正式名称は「適格請求書等保存方式」といい、2023年10月1日から導入された新しい消費税の仕入税額控除の仕組みです。

簡単に言えば、「消費税の計算に必要な正確な請求書のやり取りと保存をルール化した制度」です。消費税率が複数（現在10%と8%の軽減税率）存在する中で、事業者が仕入税額控除を適用するには、取引ごとの適用税率や消費税額が明確に記載された適格請求書（インボイス）が必要になりました。

適格請求書には、従来の請求書の記載項目に加えて「適格請求書発行事業者の登録番号」や「税率ごとの消費税額」などが記載されます。インボイス制度開始後は、買い手（仕入れ側）はこの適格請求書と帳簿を保存していなければ、仕入税額控除を受けられなくなったのです。

この制度が導入された目的は大きく二つあります。一つは、軽減税率の導入で複雑になった消費税計算を適正に行うこと。もう一つは、今まで消費税を納めていなかった免税事業者との間で生じていた不公平感を是正することです。

インボイス制度ではこの点を改善し、適格請求書発行事業者（課税事業者）からの仕入れでのみ消費税の控除を認めることで、公平性と税収の適正化を図っています。

登録しない場合のリスク（デメリット）

適格請求書発行事業者への登録は任意ですが、登録「しない」ことで生じ得るリスクにも注意が必要です。特にBtoB（企業間取引）を行っている場合、未登録のままでいると次のようなデメリットが考えられます。

1. 取引機会の減少

適格請求書を発行できない事業者とは、消費税の仕入税額控除を受けられないという理由で取引を控える企業が出てくる可能性があります。買い手にとって、仕入税額控除ができない取引は実質的に仕入れコストが増すことを意味します。

そのため、「インボイス未対応の事業者とは今後取引しない」という方針を打ち出す企業や、フリーランスに別の人を探すケースもあり得ます。実際にインボイス制度開始前後から、大企業や行政機関の中には取引先にインボイス対応を求める動きが見られました。

2. 価格交渉で不利になる

取引が続いたとしても、買い手側は控除できなくなった消費税分の負担増を嫌がり、その分の値引きを要求してくるかもしれません。例えば、これまで税込110万円（消費税10万円含む）の取引をしていた場合、買い手はその10万円を仕入税額控除で相殺できていました。

しかし適格請求書がなければ控除できないため、買い手は「消費税分を差し引いた100万円に値下げしてほしい」という交渉を持ちかけてくることが考えられます。

3. 信用・イメージの低下

インボイス制度が始まった後も未対応であると、取引先から「この会社は制度対応が遅れている」「税務処理に無頓着なのではないか」といった印象を持たれるリスクもあります。もちろん登録するか否かは各事業者の事情によりますが、特に同業他社がみな登録しているような場合、自社だけ未登録だと信用面で見劣りしてしまう恐れも否めません。

なお、インボイス制度には経過措置として2023年10月から2026年9月までの間、登録事業者でない相手先との取引でも支払った消費税額の80%を仕入税額控除できる特例が設けられています（その後2029年9月までは50%控除に縮小）。

しかし、この特例期間中であっても買い手には確実に負担増（例えば控除できない2割分）が発生しますし、最終的には控除が一切できなくなるため、未登録事業者との継続取引にはネガティブな面が残ります。

以上の点から、特に課税事業者（消費税を納めている企業）を取引相手に持つ事業者は、インボイス未登録のままでいることによる不利益を十分に認識しておく必要があります。

登録するメリット

では逆に、適格請求書発行事業者に登録するメリットにはどのようなものがあるでしょうか。登録には一定の手間や義務が伴いますが、次のような利点が得られます。

1. 取引継続・拡大の安心感

適格請求書を発行できるようになることで、取引先（買い手）は仕入税額控除を受けられ、消費税分の負担増を心配せずに済みます。その結果、「この会社となら今後も安心して取引できる」という信頼を得られるでしょう。

既存の取引関係を円滑に維持できるだけでなく、新規の取引獲得においても「インボイス発行事業者であること」は一種の信用材料となり得ます。特に法人相手のビジネスでは、登録の有無が取引先選定の条件になっている場合もあります。

2. 自社の税額控除メリット

適格請求書発行事業者になる＝課税事業者になるということでもあります。これは裏を返せば、自社が支払った経費や仕入れにかかる消費税を仕入税額控除できる資格を得るということです。

今まで免税事業者だった方にとっては新たに消費税申告・納税の義務が生じますが、その一方で事業運営上の費用に含まれる消費税分を差し引いて納税額を計算できるようになります。

例えば設備投資や原材料費が大きい業種であれば、課税事業者になることでかえって納税額が抑えられるケースもあります（支払った消費税の方が受け取った消費税より多ければ還付を受けることも可能です）。

このように、課税事業者化による透明性と控除メリットは長期的に見てプラスに働く場合があります。

3. 業務の見直しによる効率化

インボイス制度対応を機に、請求書発行や経理処理のフローを見直すことで業務効率が向上する可能性もあります。適格請求書の発行には所定の項目を正確に記載する必要がありますが、これを機械的に処理できるようシステム導入やソフトの活用を進めれば、結果的に経理業務の効率化につながります。

また、インボイス制度対応は将来的な電子インボイス（電子請求書）やデジタル帳簿保存法対応への一歩でもあります。早めに対応しておくことで、今後の法令対応にも余裕を持って臨めるでしょう。

以上のように、適格請求書発行事業者に登録することは、「取引面での安心感」と「税務面での確実さ」を得ることと言い換えられます。特に取引先ありきのビジネスでは、インボイス制度対応は避けて通れないため、自社の信用維持・向上のためにも前向きに検討する価値があります。

適格請求書発行事業者の登録方法

登録の必要性が理解できたところで、次に具体的な登録方法について解説します。適格請求書発行事業者の登録申請は、以下のステップで行います。

1. 登録申請書の準備

まずは「適格請求書発行事業者の登録申請書」という書類を用意します。国税庁のウェブサイトから様式をダウンロードできるほか、税務署の窓口でも入手可能です。

申請書には、事業者の氏名・名称、住所、事業者区分（法人・個人）や法人番号（法人の場合）など基本情報を記入します。難しい内容は特になく、一般的な事業者情報の届け出フォームと考えてよいでしょう。

なお、法人番号や個人事業主のマイナンバーなども記載欄がありますので、手元に用意しておくとスムーズです。

2. 課税事業者への転換確認

申請書には「登録を受けようとする日」を記載する欄があります。多くの場合、「できるだけ早く（提出日の翌日以降できりの良い日付）」を指定するでしょう。

免税事業者がこの申請を提出すると、記載した登録希望日から自動的に課税事業者として扱われます（2023年10月～2029年9月の経過措置期間中は、課税事業者選択届出書を別途提出せずともこの申請だけで課税事業者になれます）。

したがって、免税事業者の方は消費税の納税開始タイミングも考慮して日付を選ぶようにしましょう（特にこだわりがなければ「提出から15日後以降で最短の日」で問題ありません）。

3. 申請書の提出（郵送または電子）

申請書が用意できたら、事業所の所在地を管轄する税務署に提出します。提出方法は二通りあります。一つは申請書を印刷・押印の上、所轄税務署宛に郵送または持参する方法。もう一つは国税庁のe-Tax（電子申告システム）を利用してオンラインで申請する方法です。

電子申請の場合、事前にマイナンバーカード等の電子証明書の取得や、e-Tax用の利用者識別番号の取得が必要です。すでに電子申告を行っている事業者であれば、同じアカウントでログインし所定の画面から申請できます。

郵送に比べてオンライン申請は受付処理が早い傾向がありますので, 環境が整っている方はe-Taxでの提出がおすすめです。

4. 登録通知書の受領

申請後、税務署での審査を経て「適格請求書発行事業者に登録されました」という登録通知書が送付されてきます。通知書にはあなたの登録番号が記載されています。

この登録番号こそがインボイス発行事業者の証であり、今後発行する請求書に必ず記載すべき重要な情報です。登録番号は「T」に始まる13桁（法人は法人番号ベース、それ以外はランダムな13桁）の英数字で構成されています。

通知書が届くまでの期間は提出方法や時期によって異なりますが、おおむね1か月前後と考えておけば良いでしょう（制度開始直前には申請が集中したため2～3か月かかる例もありましたが、現在はだいぶ平常化しています）。

5. 公表サイトへの掲載

登録が完了すると、国税庁が運営する「適格請求書発行事業者公表サイト」に事業者名や所在地、登録番号などが掲載されます。これは誰でも検索できる公開データベースで、取引先があなたの会社を検索すれば「確かに登録済みである」ことが確認できます。

特別な手続きをしなくても自動で掲載されますので、取引先から求められた際には「登録番号」を伝えるだけで相手方が確認可能です。

以上が登録までの流れです。要約すると、「申請書を書いて税務署に出し、1か月程度で登録番号がもらえる」というシンプルな手順と言えます。費用は無料で、登録自体にも特別な資格要件（例えば試験に合格するといったもの）はありません。

ただし、登録後には次に述べるような義務が発生しますので、その点を理解したうえで申請しましょう。

登録後の義務と注意点

適格請求書発行事業者として登録された後は、単に請求書に登録番号を書けば終わり、というわけではなく、新たにいくつかの義務や注意すべきルールが生じます。主なものを整理しておきましょう。

適格請求書の発行義務

買い手（取引先）から請求書の発行を求められた場合、適格請求書（インボイス）を発行することが義務付けられます。具体的には、自社の登録番号や取引内容、適用税率ごとの金額と消費税額など必要事項を盛り込んだ請求書や納品書等を交付しなければなりません。

これは「適格請求書発行事業者」として登録を受けた以上、避けられない責務です。「インボイスを発行できます」と公言している以上、取引先に対してきちんとそれを提供する必要があります。

写しの保存義務

発行した適格請求書の写し（控え）を保存することも義務です。従来から請求書や納品書の写しは経理上保管するものですが、インボイス制度ではこれが法的な要件となりました。保存期間は原則として7年間（電子帳簿保存法の要件を満たす電子保存も可能）です。

紙で発行した場合はコピーをファイリングするか、電子データにスキャンして保管します。メールやPDFで発行した場合はそのデータを失わないよう管理します。適格請求書発行事業者は、税務調査の際などに適格請求書の控えを提示できるようしっかりと管理しておきましょう。

消費税の申告・納税義務

登録後は課税事業者として扱われるため、原則として毎年消費税の確定申告を行い、納税をする義務があります。免税事業者だった頃には不要だった手間が増える点には注意が必要です。帳簿への記帳や領収書の管理など、今まで以上に消費税額を意識した経理管理が求められます。特に、消費税の納税資金をプールしておくなど資金繰りの計画も重要になります。

ただし前述の通り、課税事業者になることで経費分の消費税は控除できますから、正確に計算すれば「思ったより納税額が多くて困った」という事態は避けられるでしょう。

登録内容変更・取消の届出

登録後、もし事業者の名称や住所など届出内容に変更が生じた場合は、所定の変更届を税務署に提出する必要があります。また、廃業や事業形態の変更などで適格請求書発行事業者の登録を取り消したい場合も、申請により登録を抹消する手続きが可能です。

ただし、一度登録を受けると任意に登録をやめて再び免税事業者に戻ることは原則としてできません。特に、経過措置を利用して登録した場合、登録日から2年間は免税事業者への変更（課税事業者の取りやめ）が認められないというルールがあります。

このため、「やっぱり登録しなければよかった…」と後から撤回することは基本的に難しい点に留意しましょう。もっとも、前述のメリット・デメリットを踏まえれば、多くの事業者にとって登録する価値は十分あると考えられます。

以上が登録後の主な義務と注意点です。適格請求書発行事業者になったからには、適格請求書の発行・保存と消費税の適正な申告納税を確実に遂行することが求められます。

制度上のルールを守りつつ、次に述べるような便利なツールも活用しながら、無理なく運用していきましょう。

インボイス対応を楽にするINVOYの活用

インボイス制度への対応には煩雑な印象があるかもしれませんが、そこで頼りになるのがクラウド請求書サービスの「INVOY（インボイ）」です。

INVOYは中小企業や個人事業主が無料で利用できるオンラインの請求書発行・入金管理サービスで、今回のインボイス制度にもいち早く対応しています。具体的に、INVOYを活用するとどのようなメリットがあるのかご紹介します。

登録番号の簡単管理

INVOYでは、自社の情報設定画面に国税庁から通知された登録番号を登録しておくことができます。一度番号を入力しておけば、以降INVOYで作成する請求書に自動的にその登録番号が表示されるため、記載漏れの心配がありません。

手作業で毎回番号を記入する手間もなくなり、ミスなくインボイスに必要な情報を網羅できます。

適格請求書の要件を満たしたテンプレート

INVOYには、インボイス制度に対応した請求書のテンプレートが用意されています。例えば、消費税の適用税率ごとの金額や消費税額を分けて表示する項目が標準搭載されており、ただ金額を入力するだけで適格請求書の形式が整います。

これにより、「どの欄に何を書けばいいのだろう」と悩む必要がなく、システムに従って入力するだけで正式な適格請求書が完成します。

電子データの保存と共有

INVOYで発行した請求書はPDFデータとして保存され、クラウド上に保管されます。紙で印刷して郵送することも可能ですが、取引先へはメールで簡単に送信でき、相手は受け取ったPDFを保存するだけで適格請求書の保存要件を満たせます。

また、自社側でも発行履歴がクラウドに残るため、先述した写しの保存義務にも対応しやすくなります。紙の書類をファイリングして保管場所に悩む必要もありません。必要なときにすぐ探せるデジタル管理は、経理担当者にとって大きな負担軽減となるでしょう。

請求から入金まで一元管理

インボイス制度対応だけでなく、INVOYは請求書発行業務全般を効率化する機能を備えています。インボイス対応をきっかけにこうしたクラウドサービスを導入すれば、請求業務のDX化（デジタルトランスフォーメーション）も同時に実現でき、長期的に見て業務効率とキャッシュフロー管理の向上が期待できます。

このように、INVOYを上手に使えばインボイス制度への対応は決して難しくありません。インボイス制度はもちろん、将来的な電子インボイスやペーパーレス化にも通じる流れです。この機会にINVOYのようなクラウドサービスを取り入れてみることで、制度対応と業務効率化の両方を同時に叶えることができます。

まとめ

インボイス制度の開始によって誕生した適格請求書発行事業者は、これからの事業運営に欠かせないキーワードです。その意味するところは「消費税のやり取りを適正に行うために必要な請求書を発行できる事業者」であり、多くの企業が既に登録を済ませています。

登録は義務ではありませんが、特に法人取引のある事業者にとって実質的に避けられない対応と言えるでしょう。本記事で述べたように、適格請求書発行事業者として登録しない場合、取引先に負担を強いることで取引機会の損失や収益の目減りといったリスクが生じます。

一方で、早めに登録しておけば取引先からの信用を維持・向上でき、自社としても仕入税額控除を活用できるなど多くのメリットがあります。制度開始当初は戸惑いもあるかもしれませんが、仕組み自体は決して難しいものではありません。

所定の手続きを踏めば誰でもインボイス発行事業者になれますし、その後も基本的なルールに沿って経理処理を行えば問題なく対応できます。

そして登録が完了した方も、INVOYのような便利なツールを活用して日々の請求業務を効率化しましょう。インボイス制度への対応をきっかけに、経理業務の見直しやデジタル化を進めれば、煩雑な作業から解放され本業に集中できる時間が増えるはずです。