インボイス制度が整骨院に与える影響とは？具体的な対応策についても解説

最近、「インボイス制度」という言葉をニュースやSNSで目にして、「何だか難しそうだけど、うちの整骨院も対応しなきゃダメなのかな？」と不安に感じていませんか？

整骨院の経営者さん・経理担当者さんの中には、「インボイス制度に対応しないと罰則があるの？」「価格を変えないといけない？」と心配している方もいるでしょう。また、患者さんの中にも「施術料金に影響あるの？」と気になっている方がいるかもしれません。

そこで本記事では、整骨院に関わる人向けにインボイス制度を徹底解説します。制度の基本から、整骨院特有の影響、そして実際に何をすればいいのかという対策まで、専門用語もできるだけやさしく噛み砕いて説明します。カジュアルな語り口でまとめていますので、肩の力を抜いて読み進めてみてくださいね。

インボイス制度とは？

インボイス制度とは、2023年10月1日から日本で始まった新しい消費税のルールです 。正式には「適格請求書等保存方式」といい、簡単に言うと「正しい形式の請求書（インボイス）を発行・保存しないと、事業者が仕入れ時に支払った消費税を差し引けなくなる制度」です。消費税率が8%と10%の複数税率になったこともあり、事業者間での取引における消費税額を正確に把握する目的で導入されました。

この制度では、売り手となる事業者は請求書に自社の登録番号や税率、消費税額など所定の項目を記載した「適格請求書（インボイス）」を発行します。買い手側は受け取ったそのインボイスを保存することで、仕入れにかかった消費税分を納税時に控除（仕入税額控除）できるようになります。

逆に言えば、インボイスがない取引では買い手は消費税の控除が受けられません。

では「適格請求書発行事業者」とは何でしょうか？これは税務署に登録してインボイスを発行する資格を得た事業者のことです。適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）になるには、税務署に申請書を提出して登録を受ける必要があります。

登録されると事業者ごとの登録番号が発行され、その番号を請求書に記載してインボイスを発行できるようになります。インボイス制度開始当初に発行するためには2023年9月末までの登録申請が必要でしたが、開始後も随時登録申請は可能です。

なお、適格請求書発行事業者になるには消費税の課税事業者である必要があります。消費税法では、年間の課税売上高（消費税のかかる売上）が1,000万円以下なら消費税の納税義務が免除されるため、そのような事業者は免税事業者と呼ばれます 。

整骨院の場合、保険適用外の自費施術など課税売上が1,000万円以下であれば免税事業者となり、消費税を納めなくて良い立場です。免税事業者のままではインボイス発行事業者に登録できないため、インボイス制度に対応するには自ら課税事業者に転換して登録する必要があります。

整骨院におけるインボイス制度の影響

では、このインボイス制度が整骨院にはどんな影響を与えるのでしょうか。経営者や院の経理担当者、そして患者さんそれぞれの視点で考えてみます。

経営者（課税事業者と免税事業者の違い）への影響

まず整骨院の経営者にとって大きいのは、自院が課税事業者か免税事業者かによって対応が異なる点です。

すでに年間売上が大きく課税事業者となっている整骨院（※例えば自費の売上が1,000万円超）は、インボイス発行事業者の登録をしていないと取引先からインボイスを求められた際に対応できなくなります。反対に、今まで免税事業者だった小規模な整骨院では、インボイス制度に登録しない選択も可能です。

多くの整骨院は患者さん相手のビジネスで、取引先のほとんどは一般の個人です。その場合、インボイス制度による直接の影響は小さいと考えられます。個人の患者さんは消費税の仕入税額控除を必要としないため、免税事業者の整骨院から見れば従来通りのやり方で問題ありません。実際、「うちは免税事業者のままでも特に問題ないかな？」と考える整骨院経営者も多いでしょう。

しかし、法人契約の患者や取引先がいる整骨院では注意が必要です 。例えば、企業と提携して従業員の施術を請け負っている場合や、スポーツチームと契約しているようなケースです。こうした顧客が課税事業者（法人）の場合、インボイスを発行できないと取引先が支払った消費税を控除できず不利になるため、別の院に乗り換えられてしまう可能性があります 。

免税事業者の整骨院で法人客が多い場合は売上が減少するリスクがあるとされています。逆に、インボイス発行事業者として登録しておけば、法人顧客にインボイスを交付できるので取引を継続しやすく、売上を減らさずに済むでしょう 。つまり、「個人相手中心なら影響小、法人相手が多ければ要注意」というのが経営者目線での大きなポイントです。

保険診療と自費診療の違い

整骨院の収入には、健康保険が適用される保険診療（療養費）と、患者が全額自己負担する自費診療があります。この2つではインボイス制度の関わり方が異なります。

結論から言えば、保険診療については消費税が非課税（対象外）のため、インボイス制度の対象になりません 。たとえば健康保険や労災保険、交通事故の自賠責保険などが適用される治療費にはもともと消費税がかからないので、これまで通り領収書を発行すればOKで、インボイス（適格請求書）を発行する必要はありません。一方で、保険の効かない自由診療・実費の施術費用（例えば美容目的の鍼やリラクゼーションマッサージなど）は消費税の課税対象です 。

免税事業者の整骨院であれば、自費診療であっても患者さんに消費税を請求せずに済みます（そもそも消費税を預からない取引になります）。しかし、課税事業者としてインボイス発行事業者になった場合、自費診療分に対して消費税を計上しなければならないため、患者さんへの請求額にも影響が出ます。

つまり、同じ施術料金でも、免税事業者のままなら「税込み○○円」で据え置けるところを、課税事業者となると「税抜き○○円＋消費税」といった形にする必要が出てくるのです。

患者側への影響（施術費用の変化など）

では、インボイス制度は患者さんにとって何か影響があるのでしょうか。一般の患者さんの場合、インボイス制度そのものは直接関係しません。適格請求書がなくても個人は消費税の控除を受ける場面がないため、「インボイスをください」と患者さんから言われるケースは多くありません 。ただし間接的な影響として、施術料金の表示や金額に変化が生じる可能性があります。

前述のように、整骨院がインボイス発行事業者になると自費施術に消費税がかかるため、患者さんの支払額が実質的に増える場合があります。たとえば今まで税抜価格3,000円だった自費マッサージは、消費税10%を上乗せして3,300円の支払いとなるかもしれません。あるいは、税込み表示で3,000円と据え置く場合は、院側がその中から消費税を納めるため実質的な手取りが減ることになります。

実際に、ある整体院の例では、インボイス制度開始後に課税事業者となり10%の消費税を上乗せしたところ、料金負担を嫌がった消費者が非課税のまま営業する別の整体院に流れてしまったというケースも報告されています 。このように料金設定の違いが患者さんの行動に影響を与えることもあるのです。

一方で、多くの患者さんにとっては数百円程度の差であれば「消費税なら仕方ない」と受け入れる方もいるでしょう。院としては、自費メニューの価格設定を見直す際に、患者さんの負担感にも配慮する必要があります。

整骨院が取るべき具体的な対策

インボイス制度への対応について、整骨院として具体的に何をすべきかを考えてみましょう。ポイントは「インボイス発行事業者になるかどうか」の判断と、その後の会計・請求対応の整備、そして患者さんへの周知です。

インボイス発行事業者になるべきか？（メリット・デメリット）

まず、免税事業者の整骨院がインボイス発行事業者に登録するか否かは最大の検討事項です。ここではそのメリットとデメリットを整理します。

メリット（登録する場合）

法人取引のチャンスを逃さない
もし法人顧客から「インボイスを発行できますか？」と尋ねられても、「はい、発行できます」と答えられます。インボイス発行事業者であれば、法人相手でも安心して取引を続けられ、顧客離れを防げます。

仕入れ時の消費税を控除できる
課税事業者になることで、院が備品や消耗品を仕入れる際に支払っている消費税分を後から差し引いて納税できます。例えば、電気治療器やテーピング用品など高額な仕入れがある場合、仕入税額控除で経費負担を軽減できるのは大きなメリットです。

経営の透明性向上
適格請求書を発行できるようになることで、取引の透明性が上がり信頼度が増すという意見もあります。インボイス対応している整骨院は、きちんと税務処理をしている印象を与え、新規の取引先や顧客からの信用に繋がる可能性があります。

デメリット（登録しない場合）

消費税の納税義務が発生する
免税事業者から課税事業者になると、売上に対して消費税を預かり、それを納める義務が生じます。当然ながらその分の手間とコストが発生します。免税事業者である間は売上の消費税分をそのまま収入にできていましたが、課税事業者になるとその分は国に納めることになるため手取りが減少します 。

価格競争上のハンデ
前述の通り、消費税分だけ価格が上がると感じる患者さんもいます。周辺に免税事業者のままの院がある場合、そちらの方が支払額が安く済むため価格面で不利になる可能性があります。特に自費メニュー中心で価格競争が激しい地域では慎重な判断が必要です。

事務処理が煩雑になる
消費税の申告・納税のための帳簿管理や請求書発行業務が増えます。レジや会計ソフトの設定変更、インボイス発行の運用など、経理担当者や税理士との連携が今まで以上に重要になります。

以上を踏まえ、「年間売上規模」「顧客層（法人の有無）」「経費構造」「周辺競合の状況」などを総合的に考えて判断すると良いでしょう。

例えば「売上も小さく患者さんは地域の一般消費者ばかり」という整骨院であれば、無理に課税事業者になるメリットは少ないかもしれません。一方で「将来的に事業拡大を考えており、法人とも取引していきたい」のであれば、早めにインボイス発行事業者になっておくのも一つの戦略です。

会計処理・請求書管理のポイント

インボイス制度に対応するなら、経理・会計周りの体制整備も行いましょう。具体的には以下の点に注意が必要です。

請求書様式の確認

インボイス（適格請求書）には「発行事業者の登録番号」「取引年月日」「品目と税率」「税率ごとの消費税額」などの記載が必要です 。レシートや領収書を発行する際に、これらの項目を漏れなく記載するようフォーマットを整備しましょう。
市販の領収書を使っている場合は、手書きで登録番号と税額を追記することになりますが、可能であれば会計ソフトやレセプトコンピュータ（レセコン）をアップデートして、自動で適格請求書を発行できるようにするとミスが減ります。

課税・非課税売上の仕分け

整骨院では保険診療収入は非課税、自費診療収入は課税というように、売上に2種類あります。このため、日々の売上帳簿で「課税分」と「非課税分」を分けて記録することが大切です。
課税売上についてのみ消費税計算を行い、非課税売上は課税標準に含めない扱いになります。インボイス発行事業者になった場合、消費税申告の際に正確な区分が必要なので、日頃から意識しておきましょう。

仕入税額控除の管理

課税事業者になったら、仕入れや経費で支払った消費税を控除するために適格請求書の保存が求められます。仕入先や外部業者から受け取る請求書やレシートも、相手先が適格請求書発行事業者であればインボイスとして発行されているはずです。これをファイルや会計ソフト上でしっかり管理・保存しましょう。
万が一、仕入先がインボイス非対応（免税事業者）の場合、その支払い分の消費税は控除できなくなりますので、主要な取引先についてはインボイス発行事業者かどうか確認しておくと安心です。

専門家への相談

制度対応や経理処理に不安がある場合は、税理士や会計士に相談しましょう。特に消費税の申告は年に一度（または期間ごと）必要になります。
免税事業者から課税事業者に変わるタイミングでは、簡易課税制度の選択など有利な方法がないか専門家と検討すると良いでしょう。

患者とのコミュニケーション方法（料金改定の説明など）

最後に、患者さんへの周知・コミュニケーションについてです。インボイス制度への対応によって施術料金等に変更が生じる場合は、事前に丁寧な説明を行いましょう。

料金表示の変更を案内する

課税事業者になり税込価格を変更する場合、院内掲示やSNS、公式サイトなどで「〇月〇日より料金改定のお知らせ」を出しましょう。「消費税制度（インボイス制度）対応のため」などと理由を添え、具体的にどのメニューがいくら変わるのかを明記します。急な値上げに感じられないよう、余裕をもって告知することが大切です。

スタッフから口頭で説明

常連の患者さんなどには、来院時に直接「○月から消費税分だけ料金が変わります」とお声がけすると親切です。「なんだか難しい制度が始まってしまって…」などとカジュアルなトーンで、本制度は院として避けられない対応であることを伝えると理解を得やすいでしょう。
「保険診療分は今後も非課税で変わりませんが、自費分のみご理解ください」など具体的に話すと安心感を与えられます。

領収書での対応

インボイス発行事業者になった場合、領収書に今後は消費税額や登録番号が記載されるようになります。「領収書の様式が少し変わりましたがご安心ください」と一言添えて渡すと、「なんだこれは？」と患者さんが戸惑うのを防げます。
逆に、免税事業者のまま据え置く場合でも「当院の施術費は引き続き消費税をいただいておりません」とどこかに注記しておくと、患者さんからの質問を受けた際に説明しやすくなるでしょう。

よくある疑問とQ&A

最後に、整骨院の先生方からよく聞く疑問についてQ&A形式でまとめます。

Q1. 免税事業者のままでも問題ない？

A. はい、問題ありません。インボイス制度は強制参加ではないため、売上規模が基準以下なら免税事業者のままでいる選択も可能です。免税事業者として登録しなくても罰則はありません。実際、一般消費者相手の整骨院であればインボイス対応しなくても業務上支障がないケースは多いです。

ただし、前述のように法人との取引がある場合は注意が必要です。インボイスを発行できないと法人側で消費税の控除ができず不便なので、取引継続のためにインボイス発行事業者になるよう求められる可能性があります。

「今後もずっと一般の患者さんだけ相手」というなら免税のままでも問題ありませんが、少しでも法人対応のニーズがあるなら検討してみましょう。

Q2. 患者がインボイスを求めるケースは？

A. 通常はほとんどありません。インボイス制度は事業者間取引がメインなので、一般の患者さんが「インボイスが欲しいです」と言ってくる場面は少ないでしょう。しかし例外的なケースもあります。例えば患者さん自身が個人事業主で、治療費を仕事上の経費に計上したい場合や、会社から費用補助を受ける社員の方で正式な領収書が必要な場合などです。

例えば、フリーランスで仕事の一環として施術を受けて経費にしたい人や、会社から費用補助を受ける社員の方が来院する場合などは、会社側がインボイス形式の領収書を求めてくる可能性があります。

実際には、治療費は医療費控除の対象にもなり得るため通常の領収書で事足りることが多いですが、「会社に提出するので適格請求書形式の領収書が欲しい」と依頼されるケースもゼロではありません。そうしたニーズに応えられるよう、発行事業者であればきちんと対応し、免税事業者で発行できない場合は丁寧に事情を説明しましょう。

Q3. 実際の事例や他の整骨院の対応方法は？

A. 対応は院ごとに様々ですが、一例をご紹介します。ある小規模な整骨院では、「うちはほとんど個人のお客様なので」とインボイス発行事業者の登録をせず様子見をしています。料金も据え置きで、特に大きな混乱は起きていません。「領収書は普通のものしか出せませんがご了承ください」と張り紙をした程度で、患者さんからクレームもなく経営できているそうです。

一方で、別の整骨院では将来の事業拡大を見据えてインボイス発行事業者に登録しました。自費施術の料金を税込価格で約10%値上げし、その旨を事前に告知しています。「経営努力で価格維持が難しく…」と説明したところ、理解を示す患者さんがほとんどでしたが、中には値上げを機に離れてしまったお客さんもいたようです。このように、価格への反応は患者さんそれぞれです。他院の例を踏まえつつ、自院のお客さまの層を考えて対応策を選ぶことが大切です。

また、インボイス制度開始前後で業界団体や税理士からは「様子を見て判断しても遅くない」という声も聞かれました。2023年10月の制度導入以降も登録は随時可能ですので、まずは周囲の状況を見ながら必要に応じて動くという選択肢もあります。

実際、2023年の段階では免税事業者のまま様子見をする治療院も多かったようです。制度開始後に「やはり必要だ」と感じてから登録することもできますので、自院にとってベストなタイミングを考えてください。

Q4. インボイス制度には経過措置があるの？

A. はい、あります。インボイス制度開始から6年間は、免税事業者との取引でも買い手が一部の消費税控除を受けられる経過措置が設けられています。具体的には、2023年10月～2026年9月末までは、本来控除できる消費税額の80%を控除可能、2026年10月～2029年9月末までは50%を控除可能というルールです 。

つまり、制度開始直後からいきなり100%控除不可になるのではなく、徐々に慣らし期間が設けられているわけです。しかし2029年10月以降は完全に控除不可（インボイスが無い取引は一切消費税控除できない）となります 。

この経過措置のおかげで、制度開始当初は法人顧客も多少は免税事業者と取引しやすくなっていますが、将来的には最終的にインボイス対応が求められる流れに変わりありません。長い目で見れば、整骨院としてもいずれはインボイス発行事業者になることを視野に入れておいた方が安心でしょう。

まとめと今後の対応

インボイス制度について、整骨院経営者・経理担当者、そして患者さん目線で解説してきました。最後に要点をまとめ、これから取るべき対応を整理します。

インボイス制度は2023年10月から始まった消費税の新ルール。適格請求書（インボイス）を発行・保存しないと仕入税額控除が受けられなくなる制度で、事業者間取引の透明性向上が目的です。整骨院も対象事業者に含まれますが、保険診療収入は非課税のため影響は自費部分に限られます。

整骨院への影響は顧客層によって異なる。個人患者が中心なら大きな影響はなく、免税事業者のままでも問題ありません。しかし法人取引がある場合や将来見込む場合は、インボイス発行事業者になることを検討しましょう 。登録しない場合、法人顧客が離れるリスクがあります。

インボイス発行事業者になるかの判断がカギ。登録すれば法人対応や仕入税額控除のメリットがある反面、消費税納税や価格転嫁の課題が生じます 。自院の状況に照らしてメリット・デメリットを比較検討しましょう。

制度に対応するなら経理体制を整備。請求書様式の見直し、課税・非課税売上の区分経理、仕入先のインボイス対応確認など、実務面の準備を進めます。必要に応じて専門家の力も借りて、スムーズに移行できるようにしましょう。

患者さんへの説明も忘れずに。料金改定がある場合は早めに告知し、現場でも丁寧に説明することで信頼関係を保てます。制度対応はあくまで「法律上必要な対応」であり、決して院が一方的に得をするためでないことを伝えると理解が得られやすいでしょう。

今から準備すべきこととしては、まず自院の売上構成や顧客属性を再確認し、インボイス制度への対応方針を決めることです。そして方針に沿って、税務署への登録手続きや機器・システムの設定変更、価格表示の修正など実務的な準備を進めましょう。

インボイス制度は一度対応すれば終わりではなく、今後の消費税申告や日々の経理にも関わってきます。制度開始後もしばらくは混乱や不明点が出るかもしれませんが、臨機応変に対応しつつ、適宜アップデートされる情報をチェックすることが大切です。

インボイス制度は決して複雑すぎるものではなく、正しい知識と準備があれば必ず対処できます。今回の内容が皆さんの不安解消や今後の準備の参考になれば幸いです。