ECサイト運営者が知っておきたいインボイス制度の影響と対応策

2023年10月からインボイス制度（適格請求書等保存方式）が始まりました。これはECサイト運営者にとっても無関係ではありません。小規模なEC事業者や中小企業の経営者の中には、「うちは主に個人向けだから関係ないのでは？」「免税事業者のままで大丈夫だろうか？」などと不安や疑問を抱えている方も多いでしょう。
例えば、ネットショップでハンドメイド商品を販売する個人事業主さんや、小さなECサイトを経営している方も例外ではありません。突然の法改正で「具体的に何をすればいいの？」と戸惑っているかもしれません。

本記事では、インボイス制度とは何か、ECサイト運営にどのように関係するのかを丁寧に解説します。

新制度によってECサイトの納品書・領収書の発行が具体的にどう変わるのか、さらにECサイト運営者が免税事業者のままでいる場合のメリット・デメリットや、その選択がもたらす影響についても考察します。

読者の皆様（ECサイト運営者、中小企業の経営者、そして顧問税理士の方々）の悩みに寄り添いながら、制度の理解から実務対応まで見通せるような内容を目指しました。

インボイス制度とは？ECサイト運営者にどう関係するのか

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、複数税率に対応した消費税の仕入税額控除の方式のことで、2023年10月1日から施行されました。

もともと2019年に消費税の軽減税率制度（標準税率10%と軽減税率8%の併存）が導入されて以来、異なる税率が混在する取引で正確に税額を把握・控除する必要が生じ、その対応策として導入された制度です。

なお、「インボイス」という言葉は英語で請求書を意味しますが、従来から輸出入取引で使われる商業インボイス（送り状）とは別物です。本制度におけるインボイスは国内取引で用いる適格請求書のことですので、混同しないようにしましょう。

まず、インボイス制度は消費税の仕入税額控除（仕入時に支払った消費税を差し引くこと）のルールを大きく変えるものです。この制度では、仕入税額控除を受けるために取引先から適格請求書（インボイス）を受け取って保存しておくことが条件となりました。

適格請求書を発行できるのは、消費税の課税事業者（適格請求書発行事業者として登録した事業者）だけです。免税事業者は適格請求書を発行する権利がありません。

適格請求書発行事業者になるには所轄税務署への申請を行い、登録番号の発行を受ける必要があります（登録申請は郵送またはe-Taxで行うことができ、審査後に「T」から始まる13桁の登録番号が付与されます）。

つまり、ECサイト運営者が免税事業者のままだと、取引先（商品を購入するお客様、特に法人や事業者）はそのECサイトからの仕入について消費税の仕入税額控除を受けられなくなります。これがECサイトとインボイス制度の大きな関係ポイントです。

BtoB（企業間）取引の場合：法人のお客様は仕入税額控除を受けたいので、取引相手に適格請求書の発行を求めてくる可能性が高いです。

ECサイトでの販売においても例外ではなく、ECサイト インボイス対応を怠ると「インボイスを発行できない事業者との取引は控える」という判断を下されてしまう恐れがあります。

実際、仕入税額控除ができない取引は買手企業にとってコスト増となるため、取引先からインボイス発行を強く求められるでしょう。

BtoC（消費者向け）取引の場合：一般消費者相手のECサイト（ネットショップ）では、顧客が消費税の控除を受けるわけではないため、現時点で適格請求書を発行しなくても直接困る場面は少ないかもしれません。

極端に言えば、個人相手で領収書も求められないのであれば、インボイス制度 EC対応をすぐにしなくても売上には直結しないでしょう。

しかし、主にBtoCで事業を行っている場合でも、販売対象が企業や個人事業主になる可能性はゼロではありません。実際に「領収書に会社名を入れてほしい」といった要望があれば、それは形式上BtoB取引と同様の対応が必要です。

対応しないままだと、思わぬビジネスチャンスを逃す可能性がある点に注意が必要です。

なお、Amazonや楽天市場などの大手ECモールで販売する場合も、インボイス制度への対応は重要です。例えば、適格請求書発行事業者として登録済みの出店者であれば、購入者がサイト上の購入履歴からダウンロードできる領収書が自動的にインボイス対応の書式になります。

逆に未登録のままだと、法人のお客様が適格請求書を得るために個別に問い合わせをする手間がかかったり、最初から登録事業者のショップでないと購入を避けられてしまう可能性もあります。

現在、プラットフォーム上で出店者がインボイス発行事業者かどうかを表示・検索できる機能も導入されつつあり、インボイス対応の有無が集客に影響するケースも出てきています。

要するに、ECサイト運営者にとってインボイス制度への対応は「自社が課税事業者となって適格請求書を発行できるようにするかどうか」という重要な経営判断に直結します。

次に、このインボイス制度によって具体的にECサイトの納品書や領収書がどう変化するかを見ていきましょう。

ECサイトの納品書・領収書はどう変わる？インボイス制度で求められる記載

インボイス制度施行後は、課税事業者（適格請求書発行事業者として登録済み）は、発行する請求書や納品書、領収書の記載内容をインボイス制度の要件に沿ったものにしなければなりません。

当然、ECサイトで発行する領収書や納品書も例外ではなく、インボイス制度に合わせた様式に変更する必要があります。従来との大きな違いは、消費税に関する記載事項が追加される点です。

インボイス制度対応の請求書・領収書に盛り込むべき主な項目は次のとおりです。まず、適格請求書発行事業者としての登録番号（国税庁から付与される番号）を記載します。次に取引年月日と取引内容（品名やサービス内容、軽減税率の対象品目である旨）を明記します。

そして金額欄では、税込金額を税率（例えば10%や8%など）ごとに区分して合計額を示し、消費税額も税率ごとに分けて記載します。なお、適格請求書では通常、発行相手先の名称（宛名）も記載します（簡易インボイスでは省略可）。

例えば、これまで単に「合計金額（税込）」だけを表示していた領収書は、インボイス制度後は「合計（税込）〇〇円（うち消費税〇〇円、適用税率10%）」のように、内訳がわかる表記に変わります。

また、複数税率の商品を扱う場合は「10%対象〇〇円（消費税〇〇円）、8%対象〇〇円（消費税〇〇円）」と税率ごとに金額と税額を書く必要があります。

領収書は簡易インボイスとしての取扱いも可能です。簡易インボイス（適格簡易請求書）とは、不特定多数の一般消費者を相手にする業態（小売業や飲食業、タクシー業など）の場合に認められる簡略版のインボイスです。

ECサイトで不特定多数の消費者向けに販売する場合、この簡易インボイスの形式が利用できます。簡易インボイスでは、先述の記載事項のうち相手先の氏名（宛名）の記載を省略でき、税率と税額についてはどちらかの記載で足りるという緩和措置があります。

つまり、領収書やレシートに自社の登録番号と適用税率（または消費税額）が記載されていれば、その領収書をインボイス（適格簡易請求書）として扱うことが可能です。

ただし、簡易インボイスが利用できるのは業種に条件があります。多くのECサイトは「不特定多数への販売」に該当するため領収書を簡易インボイスとして交付できますが、取引額が大きい場合や取引先から正式なインボイス（適格請求書）を求められた場合には、適格請求書の要件をすべて満たした書類を発行したほうが良いでしょう。企業間取引では基本的に完全な形式の適格請求書を発行する必要があります。

また、インボイス（適格請求書）は紙で発行する必要はなく、電子データ（PDFや電子システム上の請求書等）でも問題ありません。ECサイトでは注文確認メールの発行やシステムからのPDF領収書ダウンロードなど、やりとりが電子的に行われることが多いでしょう。

その場合も、インボイスの必要項目が網羅されていれば電子インボイスとして認められます。電子インボイスならペーパーレスで保管スペースの節約につながる他、データの照合や複雑な税率計算もソフトで迅速に処理できるため、コスト削減やミスの減少といった効果も期待できます。

なお、日本では国際規格のPeppolを用いた標準的な電子インボイス仕様（JP PINT）の普及も図られていますが、現時点ではPDFなど一般的な電子書類でも必要事項が記載されていれば適格請求書として認められます。

インボイスの記録（紙・電子いずれも）は7年間の保存義務があるため、電子で発行した場合もきちんとデータ保存しておくことが大切です。

このように、インボイス制度によってECサイトが発行する帳票類（請求書・納品書・領収書）は、より詳細な消費税情報を含む形式へアップデートする必要があります。

システム対応としては、ECサイトのショッピングカートシステムや受注管理システムにおいて、適格請求書の項目を出力できるよう設定変更やアップデートを行うことが求められます。

例えば、主要なECプラットフォームでは2023年の法改正に合わせてインボイス対応のアップデートが提供されています。自社開発のサイトの場合は、開発者に依頼して領収書発行機能に登録番号や税率ごとの集計欄を追加する対応が必要です。

なお、EC-CUBEやShopifyなど主要なECサイト構築プラットフォームでは既にインボイス制度対応のアップデートや設定項目が提供されていますので、利用中の場合はマニュアルを確認して適切に設定しましょう。

ECサイト運営者が免税事業者のままでいる場合のメリット・デメリット

インボイス制度開始にあたり、現在免税事業者であるECサイト運営者は、「このまま免税事業者でいた方が良いのか、それとも課税事業者（インボイス発行事業者）になった方が良いのか」という悩みに直面しているかもしれません。

それぞれの選択肢について、メリット・デメリットを整理してみましょう。

免税事業者のままでいるメリット：最大のメリットは、消費税の計算・申告・納税の手間が省ける点です。免税事業者であれば売上にかかる消費税を国に納める必要がなく、日々の経理でも消費税計算に頭を悩ませる機会が減ります。

特に小規模事業者にとって、年に一度の消費税申告は大きな負担になりがちなので、それを引き続き免除されるのはありがたいことです。

また、免税事業者はお客様から預かった消費税相当額を納税せず自社の収入にできるため、これを益税と呼ぶことがあります。免税のままでいれば、この益税をそのまま享受し続けることも可能です。

免税事業者のままでいるデメリット：インボイス制度下では、免税事業者であり続けることのデメリットが格段に大きくなります。最大の問題は、取引先（お客様）に敬遠される可能性があることです。先述のとおり、免税事業者は適格請求書を発行できません。

そうなると、例えば法人の顧客から「インボイスを発行してくれない取引先とは付き合えない」と契約解除を打診されたり、「仕入税額控除ができない分、取引価格を値引きしてほしい」と要求されたりするケースが考えられます。

すぐに全ての取引でそうなるとは限りませんが、事業者側から見れば免税事業者との取引は将来的にコスト増（控除不可による増税負担）につながるため、取引先の選別に影響が出る可能性は高いでしょう。

また、ECサイト運営者自身が他社から商品を仕入れて販売している場合、自社が買手の立場でも影響があります。仕入先が免税事業者だと、自社（買手）は仕入に含まれる消費税を控除できず、仕入コストが実質的に上昇します。

インボイス制度ではサプライチェーン全体で適格請求書のやりとりが求められるため、自社が免税のままだと仕入先・販売先の双方で不利益が生じるリスクがあるのです。

もっとも、免税事業者との取引については経過措置が設けられています。制度開始の2023年10月1日から最初の3年間（〜2026年9月30日）と、その次の3年間（〜2029年9月30日）にわたり、買手である課税事業者側で免税事業者からの仕入にかかる消費税額の一定割合を仕入税額控除できる特例（最初の期間は80%、次の期間は50%）が適用されます。

この経過措置のおかげで、直ちに免税事業者との取引が全面的に敬遠されてしまうとは限りません。しかし、この控除割合は段階的に縮小され、2029年10月以降は免税事業者からの仕入れについて一切控除が受けられなくなります。

したがって、長期的には免税事業者であることの不利益が確実に大きくなると言えます。

課税事業者（インボイス発行事業者）になるメリット：取引上の信用や機会損失の回避という面で、課税事業者になっておくメリットは非常に大きいです。

適格請求書発行事業者として登録し、請求書や領収書を正しく発行できれば、法人顧客から「御社とは取引できない」と言われるリスクを大幅に低減できます。

むしろ、きちんとインボイス対応していることで取引先に安心感を与え、新たなビジネスチャンスにつながる可能性もあります。

また、自社が課税事業者になれば、自分が支払った仕入や経費の消費税を仕入税額控除できる点も見逃せません。

もし今まで免税で、例えば仕入商品に含まれる消費税分（10%や8%）を実質負担していたなら、課税事業者となってそれを控除できるようになれば利益率の改善につながるケースもあります（ただし免税事業者であった間は価格に消費税分を上乗せしていない場合も多く、一概には言えませんがメリットの一つです）。

課税事業者になるデメリット：一方、課税事業者になると当然ながら消費税の申告と納税義務が発生します。売上にかかる消費税を預り金として国に納める必要が出てくるため、免税事業者時代に享受していた益税の恩恵はなくなります。

例えば年間売上が800万円（税抜）でずっと免税だった事業者が課税事業者になった場合、単純計算で年間約80万円（10%の場合）の消費税を納税しなければならず、その分手元資金が減ることになります。また、定期的な消費税の計算・申告作業という事務負担も増えます。

小規模事業者にとってはキャッシュフローへの影響も無視できません。さらに、適格請求書発行事業者として登録すると、その登録情報（氏名・名称や登録番号等）が国税庁の公表サイトで公開される点にも留意が必要です。

取引先が登録の有無を確認するための措置ですが、個人事業主の場合は氏名や屋号が誰でも閲覧できる状態になります。プライバシー面で気になる方は、この点も踏まえた判断が求められます。

しかし、インボイス制度導入に合わせた小規模事業者向けの救済措置も用意されています。免税事業者が新たに課税事業者となり適格請求書発行事業者に登録した場合、一定期間は納税額を大きく軽減できる2割特例があります。

これは制度開始後最初の3年間に限り、売上にかかる消費税額の実質2割相当額のみを納付すれば良いという特例措置です（仕入税額控除は適用せずシンプルな計算で納税額を抑える制度で、事前手続き不要で適用可能）。

例えば本来なら100万円の消費税を納めるところを20万円に抑えられるイメージで、免税事業者から課税事業者への移行を後押しする狙いがあります。

もちろんこの特例期間終了後は通常通り全額の納税が必要になりますが、最初の数年間は負担を和らげつつインボイス発行事業者としての体制を整えることができるでしょう。

また、小規模事業者が課税事業者を選択する際には、消費税計算を簡略化できる簡易課税制度の適用も検討できます。基準期間（2期前）の課税売上高が5,000万円以下など一定の要件を満たせば選択可能で、業種に応じたみなし仕入率を使って納税額を算出する方式です。

簡易課税を利用すれば仕入れや経費の個別計算を省略でき事務負担が軽減しますが、実際の税負担額が増減する場合もあるため、有利不利を見極めた上で判断しましょう。

以上を踏まえると、免税事業者としてECサイトを運営する場合、インボイス制度下ではそのメリットはかなり限定的であり、むしろデメリットの方が大きくなるといえます。

特に取引先に事業者（法人・個人事業主）を含む場合や、今後事業拡大を考えている場合は、課税事業者になる—すなわちインボイス発行事業者として登録する—という選択肢を前向きに検討すべきでしょう。

ただし、事業形態や顧客層によっては例外的に免税のまま様子を見る選択もあり得ます。例えば売上規模が小さく、顧客がほぼ個人消費者のみで将来的にもBtoB取引の予定がない場合、無理に課税事業者になる必要がないかもしれません。自社の状況に合わせて慎重に判断することが重要です。

よくある質問とその答え

Q1. インボイス制度への対応をしないと罰則はありますか？

A. インボイス発行事業者の登録はあくまで任意であり、対応しなかったからといって直接的な罰則が科されるわけではありません。ただし、免税事業者のままでいる場合のデメリットで解説したように、取引上の不利益を被る可能性があります。

また、すでに課税事業者であるにもかかわらず適格請求書の発行に対応しない場合は、取引先からの信頼を失ったり、最悪の場合取引停止につながるリスクがあります。自社の信用維持のためにも、事実上インボイス制度への対応は避けて通れないと考えた方が良いでしょう。

Q2. 一般消費者向け（BtoC）のECサイトの場合、インボイス制度に対応しなくても問題ないですか？

A. 個人消費者が相手の場合、そのお客様は仕入税額控除と関係がないため、適格請求書の発行が必須ではないケースが多いです。したがって、現時点ですぐにインボイス発行事業者になる必要がない事業者もあります。

しかし、ECサイト経由でも企業や団体が購入する可能性はゼロではありません。実際、BtoCが中心のサイトでも「会社名で領収書を発行してほしい」と依頼されることがあります。

そのため、完全に対応しないままでいると将来的なビジネス機会を逃す恐れがあります。余裕があれば早めにインボイス制度に対応しておくことをおすすめします。

Q3. 現在は免税事業者ですが、今後売上が増えたらどうなりますか？

A. 消費税法では、前々年（2期前）の課税売上高が1,000万円を超える事業者は自動的に課税事業者となります。つまり、事業が成長して売上規模が大きくなれば、遅かれ早かれインボイス発行事業者となる必要が出てきます。

また、いったん課税事業者を選択すると原則として2年間は免税事業者に戻れない（2年縛り）というルールもあります。将来的に課税事業者になることが見込まれるなら、早めに準備を進めてスムーズに移行できるようにしておくと安心です。（まさに免税事業者 インボイス ECの課題に直面するということです。）

Q4. インボイス発行事業者の登録はどのように行うのですか？

A. 所轄税務署に「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出することで登録できます。申請は郵送またはe-Tax（電子申告）で行うことが可能です。審査を経て登録が完了すると、事業者には『T』から始まる13桁の登録番号が付与されます。

2023年10月の制度開始に間に合うための事前申請期限（2023年3月末）が設けられていましたが、それ以降も随時申請は受け付けられています。ただし、申請時期によっては登録の効力が発生する時期（適格請求書を発行できるようになる日）が申請の翌課税期間開始まで遅れる場合もあります。なるべく早めに申請手続きを行いましょう。

まとめ：インボイス制度への理解と早めの対応を

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、中小企業やフリーランスも含めた全ての事業者に影響を及ぼす大きな税制改正です。

ECサイトにおけるインボイス対応も例外ではなく、たとえオンライン上の取引であっても法律上の請求書発行ルールは共通です。特にECサイトを運営する事業者は日々多数の取引が発生するため、インボイス対応の遅れは取引先に与える印象や業務効率に直結します。

本記事では、インボイス制度の基本からECサイトにおける具体的な変化、そして免税事業者として残るか課税事業者になるかの判断材料となるメリット・デメリットについて解説しました。

読者の皆様の中には「難しそうだ」「自社に当てはめるとどうすればいいのか」と感じる方もいるかもしれません。確かに新しい制度への対応は不安が付きまといますが、ポイントを押さえれば決して対応不可能なものではありません。

まずは自社が発行する帳票類（請求書・領収書・納品書など）に必要な項目を漏れなく記載できるよう、システムやフォーマットを整備しましょう。

そして、自社がまだ免税事業者であれば、インボイス発行事業者への登録をするかどうか早急に検討してください。税理士の方は、クライアントであるECサイト運営者が適切に判断・対応できるようアドバイスしてあげてください。

インボイス制度の導入によって最初は戸惑いや手間が増えるかもしれません。しかし、制度の目的は適正な税負担の実現と取引の透明性向上にあります。前向きに対応することで、結果的には信頼性の向上や業務の効率化につながる可能性もあります。

制度の詳細や最新の情報は国税庁の公表資料などで随時アップデートされています。不明点があれば公式情報を確認したり、専門家に相談したりしながら進めると安心です。

読者の皆様も、本記事の情報を参考に、自社のECサイトに合った最善の対応策を見つけていただければ幸いです。悩みを一つひとつ解消しながら、インボイス制度にしっかりと対応していきましょう。

なお、免税事業者との取引に関する経過措置（仕入税額控除の特例）は2029年9月末で終了し、インボイス制度は完全施行となります。それまでに自社の対応を万全にしておくことが重要です。