電子帳簿保存法の申請は原則不要！例外ケースと本当に必要な対応を解説

「電子帳簿保存法に対応したいけれど、申請手続きが複雑そうで手が出せない」。もしあなたがそう感じているなら、大きなチャンスを逃しているかもしれません。

かつて多くの事業者を悩ませた電子帳簿保存法の面倒な申請手続きは、現在、ほとんどのケースで過去のものとなりました。これにより、企業のデジタルトランスフォーメーションは、より手軽でスムーズなものへと変わる大きな転機を迎えています。

この記事を読めば、2022年1月の法改正によって、電子帳簿やスキャナ保存を開始するための税務署への事前承認が不要になったという事実を明確に理解できます。もう、複雑な書類準備や数ヶ月前から申請タイミングを気にする必要はありません。

しかし、申請が不要になったからといって、何もしなくて良いわけではありません。法律は新たな対応、特に「電子取引」データの保存をすべての事業者に義務付けています。

この記事は、あなたのための記事です。原則不要となった申請制度の基本から、今なお申請が必要となるごくわずかな例外ケース、そしてすべての事業者が本当に取り組むべき実務対応までを、一つひとつ丁寧に解説します。

あなたは電子帳簿保存法への漠然とした不安から解放され、自信を持ってコンプライアンスを達成し、デジタル化がもたらす業務効率化の恩恵を享受するための具体的な一歩を踏み出せるようになっているでしょう。

根本的な変化 なぜ事前承認は不要になったのか

電子帳簿保存法への対応を考える上で、最も重要な変化は「事前承認制度の廃止」です。この変更の背景と内容を理解することが、新しい制度へのスムーズな移行の第一歩となります。

改正前 かつての申請制度

2021年12月まで、企業が国税関係帳簿や書類を電子データで保存（電子帳簿等保存）、または紙の書類をスキャンして保存（スキャナ保存）を開始するには、厳格な手続きが求められました。

具体的には、保存を開始する日の3ヶ月前までに、使用するシステムの概要書や社内規程といった多くの添付書類を揃え、所轄の税務署長に申請書を提出し、承認を得る必要があったのです。このプロセスは、多くの企業にとって時間的にも管理的にも大きな負担となっていました。

改正後 2022年の事前承認制度の廃止

この状況を大きく変えたのが、2022年1月1日に施行された改正電子帳簿保存法です。この改正により、「電子帳簿等保存」と「スキャナ保存」における事前承認制度が完全に撤廃されました。

これにより、事業者は税務署の許可を待つことなく、自社の判断とタイミングでいつでも電子データによる保存を開始できるようになったのです。

変更の背景にある考え方

政府がこの大きな方針転換に踏み切った理由は、旧来の申請制度が企業のデジタル化を推進する上での大きな障壁になっていると認識したためです。手続きの煩雑さが、ペーパーレス化による業務効率化という本来の目的の達成を妨げていたのです。

この改正は、企業の管理負担を軽減し、社会全体のデジタルトランスフォーメーション（DX）を加速させることを目的としています。

この変更は、単なる手続きの簡素化以上の意味を持ちます。それは、国の方針が「許可制」から「自己責任制」へと根本的にシフトしたことを示しています。

以前は、税務署が企業のシステムや運用体制を事前にチェックし、「許可」を与える形でした。しかし、制度が撤廃された今、システムが要件を満たすか、運用が適切に行われているかという責任は、すべて事業者自身が負うことになります。

政府はもはや門番ではなく、事後の税務調査などでコンプライアンスをチェックする監査役へと役割を変えたのです。この意識の転換は、企業が法改正に対応する上で非常に重要です。

申請要件の変更点 2022年改正前後比較

保存区分	2021年12月まで	2022年1月以降
電子帳簿等保存	税務署長の承認が必要	承認不要
スキャナ保存	税務署長の承認が必要	承認不要
電子取引	承認不要	承認不要

例外 今でも申請が必要となる2つのシナリオ

電子帳簿保存法の申請は原則不要となりましたが、すべての手続きがなくなったわけではありません。特定の目的を達成したい場合に限り、任意で税務署への届出が必要となる2つの例外的なケースが存在します。

これらは義務ではなく、事業者が戦略的に選択する「オプション」と捉えるのが適切です。

ケース1 税制上の優遇措置を受ける「優良な電子帳簿」

優良な電子帳簿とは

「優良な電子帳簿」とは、通常の電子帳簿が満たすべき最低限の要件に加えて、データの訂正・削除履歴の保存や帳簿間の相互関連性の確保など、より厳格な要件をクリアした、信頼性の高い電子帳簿のことです。

主なメリット

この制度を利用する最大のメリットは、税務調査で申告漏れが指摘された場合に課される「過少申告加算税」が5%軽減されるという税制上の優遇措置です。

これは、日頃から質の高い経理処理を行っている企業にとって、万が一のミスに対する一種の「保険」として機能します。

申請手続き

必要書類

国税庁のウェブサイトから「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」をダウンロードし、必要事項を記入します。

提出方法

所轄の税務署への持参、郵送、またはe-Taxソフトを利用した電子申請のいずれかの方法で提出します。

提出期限

この優遇措置の適用を受けたい課税期間の法定申告期限までに提出する必要があります。

ケース2 2022年以前に作成された重要書類のスキャナ保存

対象となるシナリオ

2022年の法改正で緩和されたルールは、2022年1月1日以降に作成・受領した書類に適用されます。もし、それより以前（2021年12月31日以前）に作成・受領した紙の重要書類をスキャンして電子化し、原本を破棄したい場合には、特別な届出が必要です。

「重要書類」の定義

ここでいう「重要書類」とは、資金やモノの流れに直接関わる書類を指し、具体的には契約書、領収書、請求書、納品書などが該当します。一方で、見積書や注文書などの一般書類は対象外です。

申請手続き

必要書類

国税庁のウェブサイトから「国税関係書類の電磁的記録によるスキャナ保存の適用届出書（過去分重要書類）」をダウンロードして使用します。

提出方法

優良な電子帳簿の場合と同様に、持参、郵送、e-Taxのいずれかで提出します。

これら2つの例外的な申請は、政府の二重戦略を反映しています。一つは、高いコンプライアンス水準を目指す企業を税制優遇で奨励する「インセンティブ（誘因）」です。もう一つは、古いルールの下で作成された重要書類の電子化プロセスを管理し、監査証跡を確保するための「コントロール（管理）」です。

このように、申請の背景にある意図を理解することで、法律の構造をより深く把握することができます。

戦略的判断 「優良な電子帳簿」の申請はあなたの会社に必要か

「優良な電子帳簿」の届出は、単なる手続きの問題ではなく、企業の経理体制やコンプライアンスに対する考え方を反映する戦略的な判断です。「申請すべきか否か」を検討するために、そのメリットと考慮点を比較してみましょう。

包括的なメリット（導入の利点）

税制上のインセンティブ

最大の魅力は、過少申告加算税が5%軽減される点です。これはコンプライアンス遵守のための保険として機能します。

また、個人事業主にとっては、e-Taxを利用しなくても青色申告特別控除65万円の適用を受けるための要件の一つとなります。

業務効率の飛躍的向上

「優良」の要件を満たすシステムは、高度な検索機能やデータ連携機能を備えているため、社内での確認作業や税務調査時の資料提出が格段に速くなります。

内部統制の強化

すべての訂正・削除履歴が記録される要件は、不正の抑止力となり、データの信頼性と透明性を高めます。これにより、企業のガバナンス強化に直接貢献します。

コスト削減

長期的には、紙や印刷、物理的な保管スペースにかかるコストを削減する効果も期待できます。

実務上の考慮点（導入の課題）

より厳格なシステム要件

通常の電子帳簿に比べて、以下の追加要件を満たすシステムが必要です。

訂正・削除履歴の保存

すべてのデータ変更履歴をシステムが記録・保存する機能が必要です。

帳簿間の相互関連性

仕訳帳と総勘定元帳など、関連する帳簿間のデータのつながりを相互に確認できる機能が必要です。

高度な検索機能

「取引年月日・金額・取引先」での検索に加えて、「範囲指定検索」や「複数項目を組み合わせた検索」もできなければなりません。

導入コスト

これらの高度な要件を満たす会計システムの導入には、初期費用や月額利用料が発生する場合があります。

業務プロセスの変更

既存の経理業務フローの見直しや、従業員への新たなトレーニングが必要になる可能性があります。

結論と推奨

もしあなたの会社が、すでに高機能な会計システムを利用しており、強固な内部統制体制の構築を重視しているならば、「優良」の認定を目指すことは非常に合理的です。

一方で、まずは法律で定められた最低限の義務を果たすことを最優先したい中小企業や個人事業主の場合は、後述する「電子取引」への対応に集中する方が現実的でしょう。

法律の全体像 3つの保存区分を正しく理解する

電子帳簿保存法を正しく運用するためには、法律が定める3つの異なる保存区分を明確に区別して理解することが不可欠です。これらの区分の混同が、多くの誤解や対応漏れの原因となっています。

電子帳簿保存法の3つの区分が一目でわかる早見表

区分	対象書類	対応義務
①電子帳簿等保存	会計ソフト等で作成した帳簿・書類	任意
②スキャナ保存	紙で受領した請求書・領収書等	任意
③電子取引	メールやクラウドで授受した請求書等	義務

この表が示す最も重要なポイントは、対応が法的に義務付けられているのは「③電子取引」のみであるという点です。①と②は、あくまで事業者の任意で選択できるオプションです。

① 電子帳簿等保存（任意）

これは、会計ソフトや販売管理システムなどを使って、最初から一貫してコンピュータで作成した帳簿（総勘定元帳、仕訳帳など）や書類（自社発行の請求書や領収書の控えなど）を、印刷せずに電子データのまま保存する方法です。

この対応は任意であり、従来通り紙に印刷して保存することも認められています。

② スキャナ保存（任意）

これは、取引先から紙で受け取った請求書や領収書などを、スキャナやスマートフォンで読み取って画像データとして保存する方法です。

要件を満たしてスキャナ保存を行えば、紙の原本を破棄できます。しかし、これも任意であり、紙の原本をそのまま保管し続けることも全く問題ありません。

③ 電子取引（義務）

これが最も重要な区分です。電子メールに添付されたPDFの請求書、ウェブサイトからダウンロードした領収書、EDIシステム（電子データ交換）を通じてやり取りした取引情報など、電子的に授受したすべての取引データが対象となります。

この区分については、2024年1月1日から電子データのまま保存することがすべての事業者に対して義務化されており、受け取った電子データを紙に印刷して保存し、元のデータを削除する、といった対応は認められなくなりました。

真の最優先事項 義務化された「電子取引」への完全対応

ほぼすべての事業者にとって、電子帳簿保存法対応の核心は、この「電子取引」データの保存義務をいかに遵守するかにあります。ここでは、高価なシステムを導入しなくても実践できる、現実的な対応方法を解説します。

真実性の確保（データが改ざんされていないことの証明）

この要件の目的は、保存されたデータが後から不正に書き換えられていないことを担保することです。法律では、以下の4つのいずれかの措置を講じることを求めています。

1. タイムスタンプが付与されたデータを取引先から受け取る。
2. データ受領後、速やかに自社でタイムスタンプを付与する。
3. データの訂正・削除履歴が残る、または訂正・削除ができないシステムを利用する。
4. データの訂正・削除に関する事務処理規程を定め、それに沿って運用する。

中小企業の現実的な選択肢

特別なシステム投資を避けたい多くの事業者にとって、4番目の「事務処理規程の策定と遵守」が最も手軽でコストのかからない方法です。

国税庁は、この規程のサンプル（ひな形）をウェブサイトで無償提供しており、誰でも簡単に利用できます。この規程には、電子データの取扱い責任者や、訂正・削除を行う場合の具体的な手順などを定めておきます。

可視性の確保（データをすぐに見つけ、読める状態にすること）

この要件は、保存したデータを税務調査などの際に、いつでも速やかに探し出し、明瞭な状態で確認できるようにしておくことを目的としています。

主要な要件

関連書類の備付け

パソコンやプリンター、利用しているソフトウェアの操作説明書などをいつでも参照できるように保管しておきます。

見読可能性

データをディスプレイ画面や紙に、整然とした形式で明瞭に出力できる状態を確保します。

検索機能の確保

これが最も重要なポイントです。保存したデータは、原則として「①取引年月日」「②取引金額」「③取引先」の3つの項目で検索できなければなりません。

検索機能を確保する具体的な方法 ファイル名ルールの統一

専用システムがなくても、ファイル名の付け方を統一することで検索要件を満たすことが可能です。

例えば、「YYYYMMDD_取引先名_金額.pdf」（例： 20241031_株式会社サンプル_110000.pdf）といった形式です。このように一貫した命名規則を適用することで、OSの検索機能を使えば、いつでも必要なデータを抽出できます。

検索要件の緩和措置

特に中小企業にとって重要な緩和措置があります。基準期間（2事業年度前）の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務調査の際に税務職員からの電子データのダウンロードの求めに応じることができれば、上記の検索要件はすべて不要となります。

これは多くの事業者にとって、対応のハードルを大幅に下げるものです。

新たな猶予措置を正しく理解する 2024年からの変更点

2023年末で終了した「宥恕（ゆうじょ）措置」と、2024年1月から新たに設けられた「猶予（ゆうよ）措置」は、似て非なるものです。この違いを理解しないと、意図せず法令違反を犯すリスクがあります。

新たな猶予措置が適用される条件

以下の2つの要件をいずれも満たす場合、前述した「真実性の確保」と「可視性の確保」の要件を満たさなくてもよい、とされています。

1つ目は、保存要件に従って対応できない「相当の理由」があることです。例えば、システムの導入が間に合わないといった理由が該当しますが、この理由について税務署への事前申請は不要です。

2つ目は、税務調査の際に、元の電子データそのもののダウンロードの求めと、その電子データを出力した書面の提示・提出の求めの両方に応じられることです。

この猶予措置は、単なる免除ではありません。以前の宥恕措置では、極端に言えば紙に印刷しておけば電子データ自体は破棄しても問題視されにくい側面がありました。

しかし、新しい猶予措置では、元の電子データを必ず保存し、いつでも提出できる状態にしておくことが大前提となっています。

つまり、保存方法（検索機能など）に関する要件が猶予されるだけであり、電子データを保存する義務そのものが免除されるわけではないのです。この点を誤解し、安易に電子データを削除してしまうと、法律違反となるため注意が必要です。

法律対応の先へ DX推進という経営課題として捉える

電子帳簿保存法への対応は、単なる法務・税務上の義務ではありません。これをきっかけに、社内の業務プロセスを見直し、デジタルトランスフォーメーションを推進する絶好の機会と捉えることができます。

コンプライアンスがもたらす具体的なメリット

生産性の向上

書類を探す時間が劇的に短縮され、ファイリングや郵送といった手作業が不要になります。これにより、経理担当者はより付加価値の高い業務に集中できます。

コスト削減

紙代、インク代、郵送費、そして書類を保管するためのキャビネットや倉庫の賃料といった物理的なコストを大幅に削減できます。

セキュリティ強化とリスク軽減

アクセス制御やバックアップが可能なデジタルデータは、紛失・盗難・災害による劣化といったリスクに対して、紙の書類よりもはるかに安全です。

多様な働き方の実現

書類が電子化され、どこからでもアクセス可能になることで、リモートワークや在宅勤務といった柔軟な働き方を推進しやすくなります。

導入に伴う一般的な課題

初期コスト

会計システムやスキャナなど、新たなソフトウェアやハードウェアの導入に費用がかかる場合があります。

業務フローの再構築

長年慣れ親しんだ紙ベースの承認プロセスや管理方法を根本から見直す必要があります。

従業員教育

新しいシステムの使い方や法律の要件について、全従業員が正しく理解するための研修や教育が不可欠です。

まずは義務化されている電子取引への対応から着手し、その効果を実感した上で、スキャナ保存など他の領域へのデジタル化を段階的に進めていくアプローチが、多くの企業にとって現実的かつ効果的です。

リスクの理解 コンプライアンス違反に対する罰則

電子帳簿保存法への対応を怠った場合のリスクについて、過度に恐れる必要はありませんが、正しく理解しておくことは重要です。

想定される主なペナルティ

重加算税

電子データを改ざん・隠蔽するなど悪質な不正行為が発覚した場合、その申告漏れに対して通常課される追徴税額に加え、10%の重加算税が加算される可能性があります。

青色申告の承認取消し

最も重い罰則の一つで、承認が取り消されると、欠損金の繰越控除や青色申告特別控除といった税制上の大きなメリットを失うことになります。

会社法上の過料

会社法では、帳簿書類を適切に保存しなかった場合、100万円以下の過料が科される可能性が定められています。

ただし、特に青色申告の承認取消しについては、国税庁もその適用に慎重な姿勢を示しています。

例えば、電子取引データを一部保存し忘れたといった単純なミスがあったとしても、その取引自体が帳簿に正しく記録・申告されており、他の方法で取引の事実が確認できる限り、直ちに承認が取り消されるわけではないと説明されています。

罰則は、悪質性が高いと判断された場合に適用されるものであり、誠実な対応を心がけていれば過度に心配する必要はありません。

結論 自信を持って対応するための要点再確認

電子帳簿保存法、特にその申請手続きに関するルールは大きく変わりました。最後に、あなたが自信を持って対応するために、この記事の最も重要なポイントを再確認しましょう。

申請は原則不要

日々の業務において、電子帳簿保存やスキャナ保存を始めるために税務署へ申請するという考えは、基本的に不要です。

最優先は「電子取引」

法律対応の核心は、義務化された電子取引データの保存です。まずはこの分野の「真実性の確保」と「可視性の確保」のルールをマスターしましょう。

低コストでの対応は可能

高価なシステムは必須ではありません。「事務処理規程」の整備と「ファイル名の統一ルール」という2つの工夫で、多くの事業者はコンプライアンスを達成できます。

猶予措置は免罪符ではない

2024年からの新たな猶予措置を利用する場合でも、元の電子データを保存する義務は残ります。安易なデータ削除は禁物です。

義務をチャンスに変える

法改正への対応を、業務の非効率を見直し、ペーパーレス化によるコスト削減や生産性向上を実現するための絶好の機会と捉えましょう。

このガイドで示した実践的なステップに従うことで、どんな事業者でも電子帳簿保存法という新たなルールに確実に対応し、法的な義務をビジネスの成長を加速させる力へと変えることができるはずです。