請求書の保管期間は？法人・個人事業主の違いと保存方法を解説

「請求書はいつまで保管すればいいのか」「法律で決まっている保存期間を知りたい」と思ったことはないでしょうか。保管期間を守らないと、税務調査で問題になるおそれがあります。

この記事では、請求書の保管期間を法人と個人事業主それぞれのケースで解説し、電子保存を含む保存方法まで紹介します。

請求書の保管期間

法人の場合

法人が発行・受領した請求書の保管期間は原則7年です。法人税法により、帳簿書類の保存期間は確定申告書の提出期限の翌日から7年間と定められています。

3月決算の法人であれば、5月末が確定申告期限となるため、そこから7年間の保存が必要です。

欠損金（赤字）が発生した事業年度の請求書は10年間の保存が必要です。2018年4月1日以降に開始する事業年度から、欠損金の繰越控除の期間が10年に延長されたことに伴う措置です。

個人事業主の場合

個人事業主の場合、請求書の保管期間は5年です。所得税法により、業務に関して作成し、または受領した請求書等の書類は5年間の保存が求められています。

ただし、青色申告の個人事業主で帳簿書類として保存する場合は7年間の保存が必要です。

消費税の課税事業者の場合は、仕入税額控除の適用を受けるために請求書等を7年間保存する義務があります。インボイス制度のもとでは、適格請求書の保存が仕入税額控除の要件となっています。

請求書の保存方法

紙での保存

紙の請求書は、原則として紙のまま保存します。年度別・取引先別にファイリングし、必要なときにすぐ取り出せるように整理しておくのが望ましいです。

保存場所は事業所の所在地（納税地）が原則です。倉庫やトランクルームに保管する場合でも、税務調査時にすみやかに提示できる体制を整えておく必要があります。

電子データでの保存

2024年1月から、電子取引（メール・クラウドサービス等）で受領した請求書は電子データのまま保存することが義務化されました。

電子保存の要件は以下のとおりです。

• 改ざん防止措置を講じること（タイムスタンプの付与、訂正削除の履歴が残るシステムの使用など）
• 日付・金額・取引先で検索できるようにすること
• ディスプレイやプリンターで速やかに出力できること

紙で受領した請求書をスキャンして電子保存する「スキャナ保存」も認められています。スキャナ保存を行う場合は、一定の解像度（200dpi以上）やタイムスタンプの付与などの要件を満たす必要があります。

請求書以外の書類の保管期間

請求書の保管期間を理解するうえで、他の取引書類の保管期間もあわせて確認しておくと便利である。ここでは、代表的な書類の保管期間を整理する。

領収書の保管期間

領収書の保管期間は請求書とおなじで、法人は原則7年（欠損金がある事業年度は10年）、個人事業主は5年である。消費税の課税事業者の場合は、個人事業主でも7年間の保存が求められる。領収書は経費の証拠となる書類であり、税務調査では請求書とあわせて確認されることが多い。

契約書の保管期間

契約書は、法人税法上は7年（欠損金がある場合は10年）の保存が求められる。ただし、不動産の賃貸借契約書や雇用契約書など、契約期間が長期にわたるものは、契約終了後も一定期間保管しておくことが望ましい。労働関係の書類は労働基準法により5年（当分の間は3年）の保存義務がある。

見積書・注文書の保管期間

見積書や注文書も、法人税法上は原則7年間の保存が必要である。見積書は取引の前段階の書類だが、取引内容や金額の根拠を示す重要な書類として保管が求められる。注文書（発注書）は取引の成立を証明する書類であり、請求書や納品書とあわせて保管しておく。

保管期間に関する法律の根拠

法人税法の規定

法人税法施行規則第59条では、法人は帳簿書類を確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存しなければならないと規定している。ここでいう帳簿書類には、請求書、領収書、契約書、見積書などの取引に関する書類がふくまれる。3月決算の法人であれば、申告期限は5月末であるため、そこから7年間が保存義務の期間になる。

欠損金（赤字）が発生した事業年度については、法人税法施行規則第26条の3により保存期間が10年に延長される。これは欠損金の繰越控除の適用期間が10年であることに対応している。赤字が出た年度の帳簿書類は、10年後の繰越控除の適用時に証拠として求められる可能性があるためである。

所得税法の規定

個人事業主の場合は、所得税法施行規則第63条にもとづき、取引に関して作成または受領した書類を5年間保存する義務がある。青色申告の場合、帳簿（仕訳帳、総勘定元帳など）は7年間の保存が必要だが、請求書や見積書などの書類は5年間でよい。ただし、前述のとおり消費税の課税事業者である場合は7年間の保存が必要になる。

消費税法の規定

消費税法第30条では、仕入税額控除の適用を受けるために、帳簿および請求書等を保存することが要件とされている。保存期間は7年間であり、法人・個人事業主を問わず適用される。インボイス制度のもとでは、適格請求書（インボイス）の保存が仕入税額控除の要件になるため、インボイスの保管はとくに重要である。

電子帳簿保存法と請求書の電子保存

電子帳簿保存法の概要

電子帳簿保存法は、帳簿書類の電子データでの保存に関するルールを定めた法律である。2022年の改正（2024年1月完全義務化）により、電子取引のデータは電子データのまま保存することが原則として義務づけられた。メールで受け取った請求書のPDFや、クラウドサービスからダウンロードした請求書を紙に印刷して保管するだけでは、法律の要件をみたさなくなった。

電子取引データの保存義務

電子取引とは、電子メール、EDI、クラウドサービスなど、電子的な方法で授受した取引情報をさす。電子取引で受け取った請求書データは、真実性の確保と検索機能の確保の2つの要件をみたしたうえで電子保存する必要がある。真実性の確保には、タイムスタンプの付与、または訂正削除の記録が残るシステムでの保存が求められる。検索機能の確保には、取引年月日、取引金額、取引先の3項目で検索できる状態にしておく必要がある。

スキャナ保存の要件

紙で受け取った請求書をスキャナーで読み取って電子保存する場合は、スキャナ保存の要件をみたす必要がある。具体的には、解像度200dpi以上のカラースキャン、スキャン後おおむね2か月と7営業日以内のタイムスタンプ付与（または訂正削除記録システムでの保存）、帳簿との相互関連性の確保が求められる。スマートフォンのカメラで撮影したデータも、要件をみたせばスキャナ保存として認められる。

請求書の保管期間を過ぎた場合のリスク

税務調査で指摘された場合

保管期間内の請求書を保管していない場合、税務調査で経費としてみとめられないリスクがある。たとえば、仕入にかかる請求書がない場合は、その仕入にかかる消費税の仕入税額控除が否認される可能性がある。控除が否認されると、追加の消費税を納付しなければならない。

推計課税の可能性

帳簿書類の保管が不十分な場合、税務署は推計課税をおこなう可能性がある。推計課税とは、実際の帳簿にもとづく課税ができない場合に、同業他社の利益率などをもとに税額を推計して課税する方法である。推計課税では、実際よりも高い税額が算定されることが多いため、適切な書類保管は自社を守るためにも重要である。

加算税の種類

書類の保管不備により追加の税金が発生した場合、本税にくわえて加算税が課されることがある。過少申告加算税は、本来の税額との差額に対して10%（50万円をこえる部分は15%）が課される。無申告加算税は15%（50万円をこえる部分は20%）である。重加算税は、仮装・隠ぺいがあった場合に35%（無申告の場合は40%）が課される。延滞税も法定納期限の翌日から発生するため、早期の対応が重要である。

効率的に保管するためのポイント

ファイリングのルール

紙の請求書を保管する場合は、月別にファイリングするのが基本である。クリアファイルやバインダーを月ごとに用意し、請求書を日付順に並べて保管する。取引先が多い場合は、取引先ごとのファイルを作成し、そのなかで日付順に並べる方法もある。ファイルには「2026年3月分 請求書」のようにラベルを貼り、保管場所を統一しておく。

年度ごとにダンボール箱やファイルボックスにまとめて保管する方法もある。箱にはラベルを貼り、保管期間の満了日を記入しておくと、廃棄のタイミングがわかりやすい。保管場所は直射日光や湿気をさけ、温度変化のすくない場所を選ぶ。

クラウドサービスの活用

請求書の電子保存にクラウドサービスを活用する企業がふえている。クラウド型の経費精算システムや会計ソフトには、請求書のスキャン保存機能が搭載されているものがおおい。スマートフォンで撮影するだけで自動的にデータ化され、検索要件やタイムスタンプの要件もみたすことができる。

代表的なサービスとしては、マネーフォワードクラウド、freee、弥生会計オンラインなどがある。月額の利用料は数千円からで、中小企業でも導入しやすい価格帯である。クラウドサービスを利用すれば、保管スペースの問題も解消でき、税務調査のさいにもすぐにデータを提示できる。

 

請求書の保管と税務調査の関係

税務調査では、請求書は重点的にチェックされる書類のひとつである。調査官は帳簿に記載された取引が実際におこなわれたかどうかを、請求書や領収書などの原始証憑とつきあわせて確認する。

税務調査で請求書の提示を求められた場合、すみやかに提示できる体制を整えておくことが重要である。整理されていない状態で「探すのに時間がかかる」と回答すると、管理体制に不備があるとみなされ、より細かい調査がおこなわれる可能性がある。日頃から請求書を月別・取引先別に整理しておけば、調査への対応もスムーズになる。

とくに注意すべきは、架空経費や水増し請求がないかの確認である。調査官は請求書の記載内容と実際の取引内容に矛盾がないか、請求金額と入金額が一致しているか、同じ取引先からの請求書の様式や内容に不自然な変化がないかを確認する。こうした指摘をうけないためにも、請求書の保管を徹底することが大切である。

請求書の保管に関する実務チェックリスト

請求書の保管を適切におこなうために、定期的に確認すべき項目をまとめる。

月次の確認事項として、当月に受領した請求書がすべてファイリングされているか確認する。電子取引で受け取った請求書データが適切に保存されているか確認する。自社が発行した請求書の控えが保管されているか確認する。

年次の確認事項として、保管期間を経過した書類の廃棄スケジュールを確認する。電子データのバックアップが取れているか確認する。保管場所の整理整頓をおこなう。新年度の保管用ファイルやフォルダを準備する。

体制づくりとして、請求書の受領から保管までの社内フローを文書化しておく。担当者が異動や退職しても引き継ぎがスムーズにおこなえるよう、保管ルールをマニュアル化しておくことが望ましい。とくに電子保存の場合は、データの保管場所、ファイル名の命名規則、バックアップの頻度などをルールとして定めておく。

保管期間と消滅時効

請求書の保管期間とは別に、債権の消滅時効という制度がある。民法上、売掛金などの債権は原則として5年（2020年4月の民法改正後）で時効により消滅する。ただし、時効の完成猶予（催告など）や更新（承認など）によって時効期間がリセットされる場合がある。

請求書を保管しておくことは、債権の存在を証明するうえでも重要である。もし取引先が代金を支払わず、法的手段をとる場合に、請求書があれば債権の根拠を示すことができる。とくに、取引先が倒産した場合の債権届出や、少額訴訟での証拠として請求書は不可欠な書類である。

したがって、税法上の保管期間だけでなく、債権管理の観点からも請求書は適切に保管しておくべきである。未回収の売掛金がある取引先の請求書は、税法上の保管期間をすぎていても、債権が消滅するまでは保管しておくことをおすすめする。

保管コストと削減方法

紙の請求書を長期間保管するには、保管スペースと管理の手間がかかる。月に100枚の請求書を受け取る企業の場合、年間で1,200枚、7年間で8,400枚の請求書を保管する必要がある。ファイルボックスで保管すると、1箱に約500枚入るとして、約17箱分のスペースが必要になる。

オフィスの保管スペースが限られている場合は、外部の書類保管サービスを利用する方法がある。1箱あたり月額200円から500円程度の料金で、温度・湿度管理された倉庫に保管してもらえる。必要なときに箱単位で取り寄せることもできるため、日常的にはオフィスにスペースをとらずに済む。

もっとも効果的なコスト削減方法は、電子化への移行である。取引先に請求書の電子発行を依頼し、PDFやクラウドサービスでの受領に切り替えれば、紙の保管がほぼ不要になる。紙で受け取った請求書もスキャナ保存の要件をみたせば電子化できる。電子化により、保管スペースのコスト、ファイリングの人件費、書類の検索時間が大幅に削減される。

ある中小企業では、年間の書類保管コスト（レンタル倉庫代と管理人件費）が約50万円かかっていたが、電子化に切り替えたことでクラウドサービスの年間利用料10万円に削減された。約40万円のコスト削減と、検索時間の短縮による業務効率化のメリットが得られた。

保管期間の一覧表

最後に、請求書とおもな取引書類の保管期間を一覧表にまとめる。法人の場合、請求書は7年（欠損金ありは10年）、領収書は7年（同10年）、契約書は7年（同10年）、見積書は7年（同10年）、注文書は7年（同10年）、帳簿は7年（同10年）である。

個人事業主の場合、請求書は5年（消費税課税事業者は7年）、領収書は5年（同7年）、帳簿は7年である。保管期間の起算日は、法人は確定申告書提出期限の翌日、個人事業主は確定申告期限の翌日である。迷ったときは、長いほうの期間で保管しておけば安全である。

電子化を進めるステップ

請求書の電子化を社内で進めるための具体的なステップを示す。まず、自社の請求書の受領方法を棚卸しする。紙で受け取っているもの、メールのPDFで受け取っているもの、クラウドサービス経由で受け取っているものを分類する。つぎに、電子帳簿保存法の要件をみたすクラウドサービスを選定する。導入後は、社内の経理担当者にたいして操作方法と保存ルールを周知する。段階的に紙から電子への移行を進め、取引先にも電子発行への協力を依頼していく。一度に全面移行する必要はなく、まずは新規の取引先から電子化をはじめ、既存の取引先には順次お願いしていくのが現実的な進め方である。

 

よくある質問

Q. 保管期間をすぎた請求書はすぐに捨ててよいか

法定保管期間をすぎた請求書は、法律上は廃棄してかまわない。ただし、取引先との間で紛争が生じた場合にそなえて、重要な取引の書類はもうすこし長く保管しておくことをおすすめする。廃棄するさいは、個人情報や取引先の情報がふくまれているため、シュレッダーにかけるか、機密文書の廃棄業者に依頼する。

Q. PDFで受け取った請求書を印刷して保管すればよいか

2024年1月以降は、電子取引で受け取った請求書は電子データのまま保存するのが原則である。PDFをメールで受け取った場合、そのPDFデータを電子帳簿保存法の要件をみたすかたちで保存する必要がある。印刷して紙で保管するだけでは要件をみたさない。ただし、検索機能の確保に代えて、税務職員からのダウンロードの求めに応じられる状態にしておけば、紙での出力保存もみとめられる場合がある。

Q. 請求書の保管期間は起算日はいつか

法人の場合、保管期間の起算日は確定申告書の提出期限の翌日である。3月決算の法人であれば5月末が申告期限であるため、6月1日から7年間（または10年間）が保管期間となる。個人事業主の場合は、確定申告期限の翌日（通常3月16日）から5年間である。

Q. 自社が発行した請求書の控えも保管が必要か

自社が発行した請求書の控え（写し）も保管義務がある。発行した請求書の控えは、売上の証拠書類として税務調査で確認されることがある。会計ソフトやクラウドサービスで発行した請求書は、システム内に自動的に保存されているケースが多いが、保管状況を定期的に確認しておくとよい。

Q. インボイス制度で保管期間に変更はあるか

インボイス制度の導入によって、請求書の法定保管期間自体は変更されていない。法人7年、個人事業主5年のルールはそのまま適用される。ただし、インボイス制度では適格請求書の保存が仕入税額控除の要件となるため、インボイスの保管がより重要になった。適格請求書を紛失した場合、仕入税額控除がうけられなくなるリスクがあるため、管理を徹底する必要がある。

まとめ

請求書の保管期間と保存方法の要点を振り返ります。

• 法人: 原則7年（欠損金がある年度は10年）
• 個人事業主: 原則5年（青色申告・消費税課税事業者は7年）
• 電子取引で受領した請求書は電子データのまま保存が必須
• 紙の請求書は紙のまま保存するか、要件を満たしてスキャナ保存
• インボイス制度では適格請求書の保存が仕入税額控除の要件

保管期間を守り、税務調査にいつでも対応できる体制を整えておきましょう。